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sai00fuji

金虫 (正式写手)

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专业: 生物化学

[交流] 【求助/交流】codehop设计的引物怎么修改？已有7人参与

codehop设计的引物在5‘端没有简并，这是他的特点。。。
导师说5’端还是要做简并的，毕竟有几个位置不同的碱基是1：1分布的。我的担心是：这样子做codehop的特点不就没了嘛

想问问大家做codehop的时候是怎么修改引物的

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1楼2010-05-29 14:31:01

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ample1007

银虫 (初入文坛)

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专业: 中药资源

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

我最近在学习设计CODEHOP简并引物，具体步骤如下：
先在genebank上找到你的目的基因，当然这个基因应该是蛋白基因而不是核酸序列；
接着进行block比对，建议结合clustralW，看保守区的具体位置；
blockmaker下面有CODEHOP链接的按钮，点击进去；
结合文献进行相应参数的设置；
然后look for primer；
然后就出来很多结果，不同的保守区有不同的很多引物序列，前面的是正向引物，互补的是方向引物，直接合成就行。
至于，如何用OLIGO 6对引物进行评估，我现在还不会。
期待高人进行解释！