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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求助autodock
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hwwj

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助autodock 已有5人参与

刚装了AUTODOCK，在运行的时候，总是过不去，请大家教教。
在运行run-run autogrid时总出现这样的：

running: autogrid4- p E:\ WINDOWS\braf-21j2.gpf
[error 2]

不知道是那错了，是没装好AUTODOCK，还是运行有错误。
这是braf-21j2.gpf
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 3IDP1.maps.fld               # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A C F NA Cl OA          # ligand atom types
receptor 3IDP1.pdbqt                 # macromolecule
gridcenter 16.093 31.902 34.996      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 3IDP1.A.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.C.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.F.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.NA.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.Cl.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.OA.map                     # atom-specific affinity map
elecmap 3IDP1.e.map                  # electrostatic potential map
dsolvmap 3IDP1.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

请大家看看，是那不对。
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1楼 2010-05-25 11:44:56
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唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-25 14:27:06
hwwj(金币+5): 2010-05-26 09:40:26
n你的参数设置估计有问题

[img][/img]
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2楼2010-05-25 12:48:59
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hwwj

铜虫 (小有名气)
/cygdrive/c/Documents and Settings/Administrator/system32/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "IDP.F.map"
这是什么意思呀
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3楼2010-05-27 10:17:00
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唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 09:40:56
hwwj(金币+3): 2010-05-31 21:47:59
好像是少生成了一个map文件
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-05-28 09:20:11
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hwwj

铜虫 (小有名气)
又遇到问题了，请大家教教，为什么生成的dlg文件是空的。
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5楼2010-06-02 11:24:26
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wjlouc

木虫 (正式写手)
★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-02 14:50:35
估计你的docking参数没设好，autodock的运行时间比autogrid要长很多。
赞一下(2人) 回复此楼
君子生非异也，善假于物也！
6楼2010-06-02 14:08:45
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-22 14:36:40
楼主，问题解决了吗？我觉着你把下方的Nice Level项改为20 试试看
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-07-22 10:44:55
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hwwj

铜虫 (小有名气)
谢谢，解决了
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8楼2010-07-22 10:54:22
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天下枫叶

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hwwj at 2010-07-22 10:54:22:
谢谢，解决了

怎么解决的
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9楼2011-06-29 12:42:11
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 19:12:22
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