应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求助autodock
51/1返回列表
查看: 2237  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助autodock 已有5人参与

刚装了AUTODOCK，在运行的时候，总是过不去，请大家教教。
在运行run-run autogrid时总出现这样的：

running: autogrid4- p E:\ WINDOWS\braf-21j2.gpf
[error 2]

不知道是那错了，是没装好AUTODOCK，还是运行有错误。
这是braf-21j2.gpf
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 3IDP1.maps.fld               # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A C F NA Cl OA          # ligand atom types
receptor 3IDP1.pdbqt                 # macromolecule
gridcenter 16.093 31.902 34.996      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 3IDP1.A.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.C.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.F.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.NA.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.Cl.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.OA.map                     # atom-specific affinity map
elecmap 3IDP1.e.map                  # electrostatic potential map
dsolvmap 3IDP1.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

请大家看看，是那不对。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-05-25 11:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 19:12:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-25 14:27:06
hwwj(金币+5): 2010-05-26 09:40:26
n你的参数设置估计有问题

[img][/img]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-05-25 12:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)
/cygdrive/c/Documents and Settings/Administrator/system32/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "IDP.F.map"
这是什么意思呀
赞一下 回复此楼
3楼2010-05-27 10:17:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 09:40:56
hwwj(金币+3): 2010-05-31 21:47:59
好像是少生成了一个map文件
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-05-28 09:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 化学调剂0703 +8 啊我我的 2026-03-11 8/400 2026-03-16 17:23 by 我的船我的海
[考研] 0703化学调剂 +6 妮妮ninicgb 2026-03-15 9/450 2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +3 番茄头--- 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:07 by JourneyLucky
[考研] 0703，333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 工科，求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +3 miaodesi 2026-03-12 4/200 2026-03-13 20:53 by 18595523086
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
[考研] 收调剂 +7 调剂的考研学生 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:57 by 麦茶汤圆
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭