24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2295  |  回复: 9

hwwj

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助autodock 已有5人参与

刚装了AUTODOCK,在运行的时候,总是过不去,请大家教教。
在运行run-run autogrid时总出现这样的:

running: autogrid4- p E:\ WINDOWS\braf-21j2.gpf
[error 2]

不知道是那错了,是没装好AUTODOCK,还是运行有错误。
这是braf-21j2.gpf
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 3IDP1.maps.fld               # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A C F NA Cl OA          # ligand atom types
receptor 3IDP1.pdbqt                 # macromolecule
gridcenter 16.093 31.902 34.996      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 3IDP1.A.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.C.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.F.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.NA.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.Cl.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.OA.map                     # atom-specific affinity map
elecmap 3IDP1.e.map                  # electrostatic potential map
dsolvmap 3IDP1.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

请大家看看,是那不对。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-25 14:27:06
hwwj(金币+5): 2010-05-26 09:40:26
n你的参数设置估计有问题

[img][/img]
2楼2010-05-25 12:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

/cygdrive/c/Documents and Settings/Administrator/system32/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "IDP.F.map"
这是什么意思呀
3楼2010-05-27 10:17:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 09:40:56
hwwj(金币+3): 2010-05-31 21:47:59
好像是少生成了一个map文件
4楼2010-05-28 09:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

又遇到问题了,请大家教教,为什么生成的dlg文件是空的。
5楼2010-06-02 11:24:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjlouc

木虫 (正式写手)

★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-02 14:50:35
估计你的docking参数没设好,autodock的运行时间比autogrid要长很多。
君子生非异也,善假于物也!
6楼2010-06-02 14:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-22 14:36:40
楼主,问题解决了吗?我觉着你把下方的Nice Level项改为20 试试看
7楼2010-07-22 10:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

谢谢,解决了
8楼2010-07-22 10:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by hwwj at 2010-07-22 10:54:22:
谢谢,解决了

怎么解决的
9楼2011-06-29 12:42:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 19:12:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hwwj 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料考研求调剂总分280 +30 mkjlz1 2026-04-06 35/1750 2026-04-08 21:25 by cyh—315
[考研] 一志愿华东理工085601材料工程303分求调剂 +15 a1708 2026-04-06 15/750 2026-04-08 16:23 by luoyongfeng
[考研] 0703调剂,一志愿天津大学319分 +23 haaaabcd 2026-04-05 26/1300 2026-04-08 16:19 by luoyongfeng
[考研] 材料调剂 +13 汉123456 2026-04-07 14/700 2026-04-07 22:53 by 来看流星雨10
[考研] 259求调剂 +5 就爱吃土豆呀呀 2026-04-07 5/250 2026-04-07 22:40 by JourneyLucky
[考研] 农学,求调剂,314分 +4 访客记录可爱 2026-04-04 4/200 2026-04-07 21:07 by 等岸
[考研] 071000生物学,一志愿深圳大学296分,求调剂 +12 TIckLw 2026-04-06 13/650 2026-04-07 20:34 by lijunpoly
[考研] 315求调剂 +3 TUZEIQAQ 2026-04-02 3/150 2026-04-07 17:32 by chenp123
[考研] 081700,311,求调剂 +17 冬十三 2026-04-04 18/900 2026-04-07 12:50 by Sammy2
[考研] 复试调剂 +14 呼呼?~+123456 2026-04-05 14/700 2026-04-06 22:50 by chenzhimin
[硕博家园] 0856材料化工求调剂,一志愿211,初试成绩349 +4 江淮北月 2026-04-05 4/200 2026-04-06 22:44 by chenzhimin
[考研] 308求调剂 +3 终不似从前 2026-04-05 3/150 2026-04-05 22:23 by hemengdong
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:58 by imissbao
[考研] 298分 070300求调剂 +15 zwen03 2026-04-02 15/750 2026-04-05 12:52 by Hdyxbekcb
[考研] 333求调剂 +12 wfh030413@ 2026-04-03 13/650 2026-04-04 21:02 by jj987
[考研] 一志愿0817化学工程与技术,求调剂 +24 我不是只因 2026-04-02 28/1400 2026-04-04 15:15 by dongzh2009
[考研] 372分材料与化工(085600)一志愿湖南大学求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-03 4/200 2026-04-03 17:58 by Jimmyandyou
[考研] 工科341分调剂 +3 洛多罗 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:20 by 1753564080
[考研] 专硕 351 086100 也是考的材科基 本科也是材料 +8 202451007219 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:50 by 蓝云思雨
信息提示
请填处理意见