24小时热门版块排行榜    

查看: 2684  |  回复: 9

hwwj

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助autodock 已有5人参与

刚装了AUTODOCK,在运行的时候,总是过不去,请大家教教。
在运行run-run autogrid时总出现这样的:

running: autogrid4- p E:\ WINDOWS\braf-21j2.gpf
[error 2]

不知道是那错了,是没装好AUTODOCK,还是运行有错误。
这是braf-21j2.gpf
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 3IDP1.maps.fld               # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A C F NA Cl OA          # ligand atom types
receptor 3IDP1.pdbqt                 # macromolecule
gridcenter 16.093 31.902 34.996      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 3IDP1.A.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.C.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.F.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.NA.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.Cl.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.OA.map                     # atom-specific affinity map
elecmap 3IDP1.e.map                  # electrostatic potential map
dsolvmap 3IDP1.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

请大家看看,是那不对。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-25 14:27:06
hwwj(金币+5): 2010-05-26 09:40:26
n你的参数设置估计有问题

[img][/img]
2楼2010-05-25 12:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

/cygdrive/c/Documents and Settings/Administrator/system32/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "IDP.F.map"
这是什么意思呀
3楼2010-05-27 10:17:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 09:40:56
hwwj(金币+3): 2010-05-31 21:47:59
好像是少生成了一个map文件
4楼2010-05-28 09:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

又遇到问题了,请大家教教,为什么生成的dlg文件是空的。
5楼2010-06-02 11:24:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjlouc

木虫 (正式写手)

★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-02 14:50:35
估计你的docking参数没设好,autodock的运行时间比autogrid要长很多。
君子生非异也,善假于物也!
6楼2010-06-02 14:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-22 14:36:40
楼主,问题解决了吗?我觉着你把下方的Nice Level项改为20 试试看
7楼2010-07-22 10:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

谢谢,解决了
8楼2010-07-22 10:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by hwwj at 2010-07-22 10:54:22:
谢谢,解决了

怎么解决的
9楼2011-06-29 12:42:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 19:12:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hwwj 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 让我中一个面上吧! +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见