24小时热门版块排行榜    

查看: 2216  |  回复: 9

hwwj

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助autodock 已有5人参与

刚装了AUTODOCK,在运行的时候,总是过不去,请大家教教。
在运行run-run autogrid时总出现这样的:

running: autogrid4- p E:\ WINDOWS\braf-21j2.gpf
[error 2]

不知道是那错了,是没装好AUTODOCK,还是运行有错误。
这是braf-21j2.gpf
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 3IDP1.maps.fld               # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A C F NA Cl OA          # ligand atom types
receptor 3IDP1.pdbqt                 # macromolecule
gridcenter 16.093 31.902 34.996      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 3IDP1.A.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.C.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.F.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.NA.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.Cl.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.OA.map                     # atom-specific affinity map
elecmap 3IDP1.e.map                  # electrostatic potential map
dsolvmap 3IDP1.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

请大家看看,是那不对。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-25 14:27:06
hwwj(金币+5): 2010-05-26 09:40:26
n你的参数设置估计有问题

[img][/img]
2楼2010-05-25 12:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

/cygdrive/c/Documents and Settings/Administrator/system32/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "IDP.F.map"
这是什么意思呀
3楼2010-05-27 10:17:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 09:40:56
hwwj(金币+3): 2010-05-31 21:47:59
好像是少生成了一个map文件
4楼2010-05-28 09:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

又遇到问题了,请大家教教,为什么生成的dlg文件是空的。
5楼2010-06-02 11:24:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjlouc

木虫 (正式写手)

★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-02 14:50:35
估计你的docking参数没设好,autodock的运行时间比autogrid要长很多。
君子生非异也,善假于物也!
6楼2010-06-02 14:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-22 14:36:40
楼主,问题解决了吗?我觉着你把下方的Nice Level项改为20 试试看
7楼2010-07-22 10:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)

谢谢,解决了
8楼2010-07-22 10:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by hwwj at 2010-07-22 10:54:22:
谢谢,解决了

怎么解决的
9楼2011-06-29 12:42:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 19:12:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hwwj 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 焦虑 +7 水冰月月野兔 2026-03-13 9/450 2026-03-16 10:00 by Quakerbird
[考研] 344求调剂 +3 knight344 2026-03-16 3/150 2026-03-16 09:42 by 无际的草原
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +5 SUICHILD 2026-03-12 5/250 2026-03-14 14:53 by jean5056
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考研] 08食品或轻工求调剂,本科发表3篇sci一区top论文,一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵, 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 321求调剂(食品/专硕) +3 xc321 2026-03-12 6/300 2026-03-13 08:45 by xc321
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
信息提示
请填处理意见