应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求助autodock
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 2264  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hwwj

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】求助autodock 已有5人参与

刚装了AUTODOCK，在运行的时候，总是过不去，请大家教教。
在运行run-run autogrid时总出现这样的：

running: autogrid4- p E:\ WINDOWS\braf-21j2.gpf
[error 2]

不知道是那错了，是没装好AUTODOCK，还是运行有错误。
这是braf-21j2.gpf
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 3IDP1.maps.fld               # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A C F NA Cl OA          # ligand atom types
receptor 3IDP1.pdbqt                 # macromolecule
gridcenter 16.093 31.902 34.996      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 3IDP1.A.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.C.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.F.map                      # atom-specific affinity map
map 3IDP1.NA.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.Cl.map                     # atom-specific affinity map
map 3IDP1.OA.map                     # atom-specific affinity map
elecmap 3IDP1.e.map                  # electrostatic potential map
dsolvmap 3IDP1.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

请大家看看，是那不对。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-05-25 11:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-25 14:27:06
hwwj(金币+5): 2010-05-26 09:40:26
n你的参数设置估计有问题

[img][/img]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-05-25 12:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)
/cygdrive/c/Documents and Settings/Administrator/system32/autodock4: I'm sorry; I can't find or open "IDP.F.map"
这是什么意思呀
赞一下 回复此楼
3楼2010-05-27 10:17:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-28 09:40:56
hwwj(金币+3): 2010-05-31 21:47:59
好像是少生成了一个map文件
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-05-28 09:20:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)
又遇到问题了，请大家教教，为什么生成的dlg文件是空的。
赞一下 回复此楼
5楼2010-06-02 11:24:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wjlouc

木虫 (正式写手)
★ ★
hwwj(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-02 14:50:35
估计你的docking参数没设好，autodock的运行时间比autogrid要长很多。
赞一下(2人) 回复此楼
君子生非异也，善假于物也！
6楼2010-06-02 14:08:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-07-22 14:36:40
楼主，问题解决了吗？我觉着你把下方的Nice Level项改为20 试试看
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-07-22 10:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hwwj

铜虫 (小有名气)
谢谢，解决了
回复此楼
8楼2010-07-22 10:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下枫叶

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hwwj at 2010-07-22 10:54:22:
谢谢，解决了

怎么解决的
回复此楼
9楼2011-06-29 12:42:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 19:12:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hwwj 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-05 5/250 2026-04-06 15:40 by lin-da
[考研] 0817化学工程与技术求调剂，一志愿中海洋319 +14 lv945 2026-04-04 14/700 2026-04-06 10:20 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +15 路痴小琪 2026-04-05 15/750 2026-04-06 09:27 by cql1109
[考研] 085600，320分求调剂 +16 大馋小子 2026-04-04 17/850 2026-04-06 07:58 by MOF_Catal
[考研] 调剂 +3 李广火 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:57 by 蓝云思雨
[考研] 295求调剂 +8 FZAC123 2026-04-03 8/400 2026-04-05 17:46 by 蓝云思雨
[考研] 26考研调剂0710 0860 +9 补补不补 2026-04-03 14/700 2026-04-04 23:32 by 果冻大王
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 10/500 2026-04-04 23:12 by 无际的草原
[考研] 本科211 分数293请求调剂 +4 莲菜就是藕吧 2026-04-01 4/200 2026-04-04 22:32 by hemengdong
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601，求调剂 +17 cdyw 2026-04-02 18/900 2026-04-04 11:14 by w_xuqing
[考研] 265求调剂 +17 林深温澜 2026-04-01 20/1000 2026-04-04 01:09 by userper
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +13 hanamiko 2026-04-01 13/650 2026-04-03 18:30 by ls刘帅
[考研] 专硕085601求调剂 +7 suyifei 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:00 by 欣喜777
[考研] 273求调剂 +20 李芷新1 2026-03-31 20/1000 2026-04-03 09:58 by linyelide
[考研] 一志愿山东大学化学与化工学院材料与化工专硕，360分求调剂 +4 不愿透露姓名的� 2026-04-02 4/200 2026-04-03 09:29 by 遗忘消失的灆
[考研] 312求调剂 +4 赊月色 2026-04-02 5/250 2026-04-03 08:21 by fangshan711
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 348环境工程调剂 +3 吴彦祖24k 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:14 by nanaliuyun
[考研] 一志愿西电085401数一英一299求调剂 六级521 +4 爱吃大鸭梨 2026-03-31 4/200 2026-03-31 11:51 by 搏击518
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭