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听雪看山

木虫 (职业作家)

西游家族之T所长

优秀版主优秀版主

[交流] 【求助/交流】从RNA到cDNA合成再到克隆PCR的实验技巧和操作细节问题若干,寻求解答 已有4人参与

因为自己是新手,在实验室这半年来,经历了很多失败和挫折!!目前的实验进展也不算特别顺,但是已经习惯和适应。然而还是有很多实验细节的东西不懂,主要是理论知识缺乏,对其特性了解的不够。寻求达人帮助,解答我心中的疑惑,问题如下:
1.RNA保存是不是必须和DNA隔离开,以防止污染?
2.合成的RNA是不是必须等待在冰上融化,如果用手触摸使其溶化会不会有影响?到底是影响RNA的质量,还是cDNA的质量,或者两个都影响?
3.cDNA的合成和RNA的合成过程都需要戴手套,其原因是不是只在于防止人体产生的酶的污染和在PCR过程中防止将其他杂质片段错误扩增?
4.如果PCR产物经试剂盒纯化后浓度很低,在引物和其他试剂都没问题的基础上,问题是否有可能存在于cDNA加样过程中,比如PCR管里出现许多气泡,或试剂未混匀,或者加酶后没有放在冰上,没有立即P?
5.RNA和cDNA是否都很脆弱,得到的cDNA是否要轻柔对待?如果涡旋液体,会不会影响cDNA的质量,比如DNA链条变成碎片,断裂等等。

因为自己的理论背景知识实在太缺乏了,所以有些专业用词不准确,还望见谅!!!

[ Last edited by 听雪看山 on 2010-5-19 at 22:03 ]
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gastrodia

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+1):热心虫友~~ 2010-05-20 21:48:38
RACE即可,不是NCBI不提供,而是不同的实验室在递交序列的时候有的只会递交编码区的全长,有的会递交非编码区和编码区,仅此而已,如果他们做这个基因还好,如果不做这个基因,即本基因是他们试验的副产品,有时只是一部分序列而已
7楼2010-05-20 21:41:17
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gastrodia

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lstt09nk(金币+3):欢迎多多交流~~ 2010-05-20 21:48:14
RNA的保存,可以保存在水溶液中(-80,无RNase的水)或者直接以沉淀形式保存在无水乙醇或者洁净的去离子甲酰胺中,至于要不要防止污染看实验的目的而定
合成的RNA(化学合成?很奢侈),我们一般都是提取的总RNA的可以放在冰上慢慢等,也可以握在手心融合,当然要带手套,防止RNase污染,因为RNase无处不在又很难失活,
有没有立即P不是问题,至于气泡也不是问题,94度的热循环,气泡很快就没了,至于条带弱通常问题是PCR的模板不纯,或者有抑制PCR的物质存在,若使用cDNA为模板,有可能你的基因表达量很低,

涡旋会影响质量,但对于做PCR可以忽略不计,因为PCR是级联放大反应,只要有一点模板cDNA就可以扩出所需条带,但是RNA和cDNA要避免反复冻融
2楼2010-05-19 22:18:13
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听雪看山

木虫 (职业作家)

西游家族之T所长

优秀版主优秀版主

谢谢楼上的回答,很受用。
还有个问题:
6.在用试剂盒纯化PCR后在凝胶上的产物的时候,切下的胶要在50-65度下进行溶解,如果在这个温度下时间过长,对产量有没有影响呢?
开花可要欣赏,然后就去远行;唯有不等花开,才能记得花红。
3楼2010-05-20 00:00:08
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gastrodia

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
没有,加热只是促进融化胶,实际上你加了溶胶液室温放置30min到1h,胶也会融化,
4楼2010-05-20 09:33:37
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