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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？
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vallen

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？ 已有6人参与

这个跟pdb分子的大小有关系吗？
我看AMBER例子中加的是
solvatebox dna1 TIP3PBOX 8.0
也就是蛋白质分子到边界的距离为8埃，

如果我的体系很大的话，这个值是不是需要增加呢？
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1楼 2010-04-08 17:12:29
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-09 08:16
这个没关系，加的8.0是指水分子的厚度
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出清水而不染
2楼2010-04-09 07:44:56
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liuguan

金虫 (著名写手)

计算蠕虫
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-09 10:48
盒子的选取不是随便选的吧。。。与你的其他参数是有关的，我记的我上计算化学是盒子大小MD模拟盒子是通过计算得到的。。。。然后设定
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3楼2010-04-09 10:47:42
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vallen

银虫 (正式写手)
8埃这个厚度应该够了吧？
楼上的怎么预先计算的盒子大小呢？
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4楼2010-04-09 15:57:27
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shenhua196

新虫 (初入文坛)

amber使用中的几个问题

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-06 10:50:10
1.MD之前为什么要进行能量优化，amber是用什么方法优化的？
2.MD需要电荷信息吗？如何获得的？
3.amber用了pdb文件的哪些信息？好像只有坐标
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5楼2010-04-11 10:36:30
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tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-06 10:50:02
我是这样认为的：在MD之前进行能量优化是为了有一个平衡的初始结构，MD的电荷应该是加唱的时候自动加的吧。
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6楼2010-05-06 10:05:20
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-06 17:37:10
本帖内容被屏蔽
7楼2010-05-06 17:28:39
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