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vallen

银虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
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帖子: 478
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虫号: 358692
注册: 2007-04-28
专业: 理论和计算化学

[交流] 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？已有6人参与

这个跟pdb分子的大小有关系吗？
我看AMBER例子中加的是
solvatebox dna1 TIP3PBOX 8.0
也就是蛋白质分子到边界的距离为8埃，

如果我的体系很大的话，这个值是不是需要增加呢？

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1楼2010-04-08 17:12:29

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tingjun

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 3702.4
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性别: MM
专业: 化学计量学与化学信息学

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-06 10:50:02

我是这样认为的：在MD之前进行能量优化是为了有一个平衡的初始结构，MD的电荷应该是加唱的时候自动加的吧。

赞一下(1人)

6楼2010-05-06 10:05:20

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