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zhulijuan001

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助】溶剂盒子的密度?

我想在加入溶剂盒子之前就先把溶剂盒子模拟到一定的密度,然后再加入这个已经模拟好的溶剂盒子,各位高手,有谁知道该怎么弄的?
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ruthxu

金虫 (正式写手)



zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
你能不能把问题表述的更清楚点?
2楼2011-03-02 13:36:51
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-02 13:36:51:
你能不能把问题表述的更清楚点?

在进行动力学模拟的时候要加溶剂盒子,我就是想先创建一个空的溶剂盒子,把溶剂盒子的密度模拟到一个实验值,然后再把蛋白质加入到已经模拟好的溶剂盒子里面。
3楼2011-03-03 10:59:33
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ruthxu

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-05 22:51:11
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-09 14:11:05
应该可以。先模拟溶剂盒子,模拟到实验密度时,将你的蛋白质构象文件和溶剂构象文件合并,再去除溶剂和蛋白质重合的部分就可以了。
4楼2011-03-04 12:33:46
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shengxiang

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★
zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-05 22:51:05
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-05 22:51:17
这是完全可以的,就像你说的,你先建造充满溶剂的盒子,让这个盒子在NPT系综下run一段时间,就会得到比较合适的密度,然后再将你的大分子放进去。如果你的溶剂是水的话,这些就都没有必要了~~~
5楼2011-03-04 16:27:45
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-04 16:27:45:
这是完全可以的,就像你说的,你先建造充满溶剂的盒子,让这个盒子在NPT系综下run一段时间,就会得到比较合适的密度,然后再将你的大分子放进去。如果你的溶剂是水的话,这些就都没有必要了~~~

你的意思是如果是水,蛋白质直接加水盒子以后,再整体用NPT模拟一段时间达到实验密度也是一样的效果吗?可是这样得到的密度里面有一个蛋白质,就不是纯水的密度了呀?
6楼2011-03-08 11:44:57
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