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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】溶剂盒子的密度？
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】溶剂盒子的密度？

我想在加入溶剂盒子之前就先把溶剂盒子模拟到一定的密度，然后再加入这个已经模拟好的溶剂盒子,各位高手，有谁知道该怎么弄的？
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1楼 2011-02-28 17:14:51
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
你能不能把问题表述的更清楚点？
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2楼2011-03-02 13:36:51
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-02 13:36:51:
你能不能把问题表述的更清楚点？

在进行动力学模拟的时候要加溶剂盒子，我就是想先创建一个空的溶剂盒子，把溶剂盒子的密度模拟到一个实验值，然后再把蛋白质加入到已经模拟好的溶剂盒子里面。
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3楼2011-03-03 10:59:33
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-05 22:51:11
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-09 14:11:05
应该可以。先模拟溶剂盒子，模拟到实验密度时，将你的蛋白质构象文件和溶剂构象文件合并，再去除溶剂和蛋白质重合的部分就可以了。
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4楼2011-03-04 12:33:46
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-05 22:51:05
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-05 22:51:17
这是完全可以的，就像你说的，你先建造充满溶剂的盒子，让这个盒子在NPT系综下run一段时间，就会得到比较合适的密度，然后再将你的大分子放进去。如果你的溶剂是水的话，这些就都没有必要了~~~
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5楼2011-03-04 16:27:45
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zhulijuan001

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-04 16:27:45:
这是完全可以的，就像你说的，你先建造充满溶剂的盒子，让这个盒子在NPT系综下run一段时间，就会得到比较合适的密度，然后再将你的大分子放进去。如果你的溶剂是水的话，这些就都没有必要了~~~

你的意思是如果是水，蛋白质直接加水盒子以后，再整体用NPT模拟一段时间达到实验密度也是一样的效果吗？可是这样得到的密度里面有一个蛋白质，就不是纯水的密度了呀？
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6楼2011-03-08 11:44:57
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