24小时热门版块排行榜    

查看: 1127  |  回复: 5

zhulijuan001

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助】溶剂盒子的密度?

我想在加入溶剂盒子之前就先把溶剂盒子模拟到一定的密度,然后再加入这个已经模拟好的溶剂盒子,各位高手,有谁知道该怎么弄的?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)



zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
你能不能把问题表述的更清楚点?
2楼2011-03-02 13:36:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhulijuan001

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-02 13:36:51:
你能不能把问题表述的更清楚点?

在进行动力学模拟的时候要加溶剂盒子,我就是想先创建一个空的溶剂盒子,把溶剂盒子的密度模拟到一个实验值,然后再把蛋白质加入到已经模拟好的溶剂盒子里面。
3楼2011-03-03 10:59:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-05 22:51:11
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-09 14:11:05
应该可以。先模拟溶剂盒子,模拟到实验密度时,将你的蛋白质构象文件和溶剂构象文件合并,再去除溶剂和蛋白质重合的部分就可以了。
4楼2011-03-04 12:33:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★
zhulijuan001(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-05 22:51:05
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-03-05 22:51:17
这是完全可以的,就像你说的,你先建造充满溶剂的盒子,让这个盒子在NPT系综下run一段时间,就会得到比较合适的密度,然后再将你的大分子放进去。如果你的溶剂是水的话,这些就都没有必要了~~~
5楼2011-03-04 16:27:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhulijuan001

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-04 16:27:45:
这是完全可以的,就像你说的,你先建造充满溶剂的盒子,让这个盒子在NPT系综下run一段时间,就会得到比较合适的密度,然后再将你的大分子放进去。如果你的溶剂是水的话,这些就都没有必要了~~~

你的意思是如果是水,蛋白质直接加水盒子以后,再整体用NPT模拟一段时间达到实验密度也是一样的效果吗?可是这样得到的密度里面有一个蛋白质,就不是纯水的密度了呀?
6楼2011-03-08 11:44:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhulijuan001 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +11 医学老男孩 2026-08-13 29/1450 2026-08-14 00:04 by 大快人心啦
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
信息提示
请填处理意见