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zhulijuan001

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[交流] 【求助】溶剂盒子的密度？

我想在加入溶剂盒子之前就先把溶剂盒子模拟到一定的密度，然后再加入这个已经模拟好的溶剂盒子,各位高手，有谁知道该怎么弄的？

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1楼 2011-02-28 17:14:51

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zhulijuan001

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引用回帖:

Originally posted by shengxiang at 2011-03-04 16:27:45:
这是完全可以的，就像你说的，你先建造充满溶剂的盒子，让这个盒子在NPT系综下run一段时间，就会得到比较合适的密度，然后再将你的大分子放进去。如果你的溶剂是水的话，这些就都没有必要了~~~

你的意思是如果是水，蛋白质直接加水盒子以后，再整体用NPT模拟一段时间达到实验密度也是一样的效果吗？可是这样得到的密度里面有一个蛋白质，就不是纯水的密度了呀？