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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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vallen

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】做MD时,溶剂盒子应该加多大算合适呢?已有6人参与

这个跟pdb分子的大小有关系吗?
我看AMBER例子中加的是
solvatebox dna1 TIP3PBOX 8.0
也就是蛋白质分子到边界的距离为8埃,

如果我的体系很大的话,这个值是不是需要增加呢?
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sunmuer

木虫 (小有名气)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-09 08:16
这个没关系,加的8.0是指水分子的厚度
出清水而不染
2楼2010-04-09 07:44:56
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liuguan

金虫 (著名写手)

计算蠕虫



lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-09 10:48
盒子的选取不是随便选的吧。。。与你的其他参数是有关的,我记的我上计算化学是盒子大小MD模拟盒子是通过计算得到的。。。。然后设定
3楼2010-04-09 10:47:42
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vallen

银虫 (正式写手)

8埃这个厚度应该够了吧?
楼上的怎么预先计算的盒子大小呢?
4楼2010-04-09 15:57:27
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shenhua196

新虫 (初入文坛)

amber使用中的几个问题

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-06 10:50:10
1.MD之前为什么要进行能量优化,amber是用什么方法优化的?
2.MD需要电荷信息吗?如何获得的?
3.amber用了pdb文件的哪些信息?好像只有坐标
5楼2010-04-11 10:36:30
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tingjun

木虫 (小有名气)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-06 10:50:02
我是这样认为的:在MD之前进行能量优化是为了有一个平衡的初始结构,MD的电荷应该是加唱的时候自动加的吧。
6楼2010-05-06 10:05:20
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ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-06 17:37:10
本帖内容被屏蔽

7楼2010-05-06 17:28:39
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