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vallen

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】做MD时,溶剂盒子应该加多大算合适呢? 已有6人参与

这个跟pdb分子的大小有关系吗?
我看AMBER例子中加的是
solvatebox dna1 TIP3PBOX 8.0
也就是蛋白质分子到边界的距离为8埃,

如果我的体系很大的话,这个值是不是需要增加呢?
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liuguan

金虫 (著名写手)

计算蠕虫



lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-09 10:48
盒子的选取不是随便选的吧。。。与你的其他参数是有关的,我记的我上计算化学是盒子大小MD模拟盒子是通过计算得到的。。。。然后设定
3楼2010-04-09 10:47:42
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