24小时热门版块排行榜    

查看: 1216  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hijing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】变成.mol2后怎么导入autodock 已有1人参与

用chimera处理完蛋白分子后存为了.mol2文件,配体分子也画好后存为了这种形式。然后再怎么弄才能用autodock对接啊?autodock是不是不能直接读.mol2文件啊?刚刚学习对接,实在摸不着边,请大家多多帮忙
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-04 16:14:18
hijing(金币+5): 2010-05-06 18:31:08
其实  楼上的用MGLtools的话  再倒入ligand时候有这样的选择的  是有mol2的分子结构选择的  楼上的可以好好看看ligand到底支持哪些文件
5楼2010-05-04 15:20:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+10,VIP+0): 12-14 10:18
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
你要用MGLTOOLS (http://mgltools.scripps.edu/),它是和autodock对应使用的工具,这样坐起来会方便很多。MGLTOOLS可以打开你转化的mol2文件。

所有autodock对接的分子准备都在MGLTOOLS中进行。

chimera是和UCSF Dock结合使用的

[ Last edited by javacfish on 2009-12-11 at 16:25 ]
2楼2009-12-11 16:24:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)

autodock

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+5,VIP+0): 12-14 10:29
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
Autodock里面要求的格式是pdbqt必须转化,你可以先将它们存成pdb格式,然后在Autodock中导入,再另存为pdbqt即可
3楼2009-12-12 17:39:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hijing

金虫 (小有名气)

谢谢,我会再继续学学MGL Tools的使用,还有问题请大家多多帮忙
4楼2009-12-14 10:46:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-31 00:45 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-31 00:32 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:21 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 3/150 2026-08-30 20:19 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:35 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:51 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:50 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 9/450 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:36 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 面上意见出来了 +9 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 18/900 2026-08-30 16:47 by 黄鸟于飞Chao
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 11:40 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +4 349506619 2026-08-28 4/200 2026-08-29 22:41 by alongwaytogo
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
请填处理意见