应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】变成.mol2后怎么导入autodock
51/1返回列表
查看: 1218  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hijing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】变成.mol2后怎么导入autodock 已有1人参与

用chimera处理完蛋白分子后存为了.mol2文件，配体分子也画好后存为了这种形式。然后再怎么弄才能用autodock对接啊？autodock是不是不能直接读.mol2文件啊？刚刚学习对接，实在摸不着边，请大家多多帮忙
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2009-12-11 12:14:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+10,VIP+0): 12-14 10:18
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
你要用MGLTOOLS (http://mgltools.scripps.edu/),它是和autodock对应使用的工具，这样坐起来会方便很多。MGLTOOLS可以打开你转化的mol2文件。

所有autodock对接的分子准备都在MGLTOOLS中进行。

chimera是和UCSF Dock结合使用的

[ Last edited by javacfish on 2009-12-11 at 16:25 ]
赞一下(14人) 回复此楼
2楼2009-12-11 16:24:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)

autodock

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+5,VIP+0): 12-14 10:29
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
Autodock里面要求的格式是pdbqt必须转化，你可以先将它们存成pdb格式，然后在Autodock中导入，再另存为pdbqt即可
赞一下(12人) 回复此楼
3楼2009-12-12 17:39:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hijing

金虫 (小有名气)
谢谢，我会再继续学学MGL Tools的使用，还有问题请大家多多帮忙
赞一下 回复此楼
4楼2009-12-14 10:46:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-04 16:14:18
hijing(金币+5): 2010-05-06 18:31:08
其实  楼上的用MGLtools的话  再倒入ligand时候有这样的选择的  是有mol2的分子结构选择的  楼上的可以好好看看ligand到底支持哪些文件
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-05-04 15:20:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hijing 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-31 02:13 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 3/150 2026-08-31 01:59 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 6/300 2026-08-31 01:48 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-31 01:27 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-31 01:07 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-31 00:56 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-31 00:54 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-31 00:21 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:21 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:37 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:34 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 9/450 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 12/600 2026-08-30 17:11 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:03 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 14:03 by GkCVyODlx4mR
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭