24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1080  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hijing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】变成.mol2后怎么导入autodock 已有1人参与

用chimera处理完蛋白分子后存为了.mol2文件,配体分子也画好后存为了这种形式。然后再怎么弄才能用autodock对接啊?autodock是不是不能直接读.mol2文件啊?刚刚学习对接,实在摸不着边,请大家多多帮忙
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)

autodock

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+5,VIP+0): 12-14 10:29
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
Autodock里面要求的格式是pdbqt必须转化,你可以先将它们存成pdb格式,然后在Autodock中导入,再另存为pdbqt即可
3楼2009-12-12 17:39:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+10,VIP+0): 12-14 10:18
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
你要用MGLTOOLS (http://mgltools.scripps.edu/),它是和autodock对应使用的工具,这样坐起来会方便很多。MGLTOOLS可以打开你转化的mol2文件。

所有autodock对接的分子准备都在MGLTOOLS中进行。

chimera是和UCSF Dock结合使用的

[ Last edited by javacfish on 2009-12-11 at 16:25 ]
2楼2009-12-11 16:24:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hijing

金虫 (小有名气)

谢谢,我会再继续学学MGL Tools的使用,还有问题请大家多多帮忙
4楼2009-12-14 10:46:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-04 16:14:18
hijing(金币+5): 2010-05-06 18:31:08
其实  楼上的用MGLtools的话  再倒入ligand时候有这样的选择的  是有mol2的分子结构选择的  楼上的可以好好看看ligand到底支持哪些文件
5楼2010-05-04 15:20:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +5 pipiver 2026-03-30 5/250 2026-03-31 07:37 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工调剂一志愿大连海事085600,349 +6 吃的不少 2026-03-30 6/300 2026-03-31 04:17 by fmesaito
[考研] 11408总分309,一志愿东南大学求调剂,不挑专业 +5 天赋带到THU 2026-03-29 6/300 2026-03-30 20:49 by dick_runner
[考研] 367求调剂 +5 芋泥啵啵… 2026-03-28 5/250 2026-03-30 19:56 by 无际的草原
[考研] 085601材料工程找调剂 +17 oatmealR 2026-03-29 18/900 2026-03-30 19:21 by Wang200018
[考研] 085600,专业课化工原理,320分求调剂 +5 大馋小子 2026-03-29 5/250 2026-03-30 19:02 by 源_2020
[考研] 262求调剂 +4 ZZ..000 2026-03-30 4/200 2026-03-30 15:57 by wangjy2002
[考研] 一志愿北京工业大学,324分求调剂 +6 零八# 2026-03-28 6/300 2026-03-29 21:20 by nanaliuyun
[考研] 调剂310 +12 温柔的晚安 2026-03-25 13/650 2026-03-29 20:01 by 无际的草原
[考研] 298求调剂 +4 种圣赐 2026-03-28 4/200 2026-03-29 08:42 by q1092522407
[考研] 315求调剂 +4 akie... 2026-03-28 5/250 2026-03-28 21:05 by zhq0425
[考研] 311(085601)求调剂 +4 liziyeyeye 2026-03-28 4/200 2026-03-28 18:50 by 535743368
[考研] 340求调剂 +5 jhx777 2026-03-27 5/250 2026-03-28 04:18 by fmesaito
[有机交流] 高温高压反应求助 10+4 chibby 2026-03-25 4/200 2026-03-27 21:08 by BT20230424
[考研] 一志愿211院校 344分 东北农业大学生物学学硕,求调剂 +5 丶风雪夜归人丶 2026-03-26 8/400 2026-03-27 19:22 by 丶风雪夜归人丶
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分,英语已过四六级,六级521,求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-25 7/350 2026-03-27 14:47 by 狂炫麦当当
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 340求调剂 +5 话梅糖111 2026-03-24 5/250 2026-03-25 06:53 by ilovexiaobin
信息提示
请填处理意见