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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】变成.mol2后怎么导入autodock
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hijing

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】变成.mol2后怎么导入autodock 已有1人参与

用chimera处理完蛋白分子后存为了.mol2文件，配体分子也画好后存为了这种形式。然后再怎么弄才能用autodock对接啊？autodock是不是不能直接读.mol2文件啊？刚刚学习对接，实在摸不着边，请大家多多帮忙
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1楼 2009-12-11 12:14:22
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+10,VIP+0): 12-14 10:18
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
你要用MGLTOOLS (http://mgltools.scripps.edu/),它是和autodock对应使用的工具，这样坐起来会方便很多。MGLTOOLS可以打开你转化的mol2文件。

所有autodock对接的分子准备都在MGLTOOLS中进行。

chimera是和UCSF Dock结合使用的

[ Last edited by javacfish on 2009-12-11 at 16:25 ]
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2楼2009-12-11 16:24:01
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tingjun

木虫 (小有名气)

autodock

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hijing(金币+5,VIP+0): 12-14 10:29
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:15
Autodock里面要求的格式是pdbqt必须转化，你可以先将它们存成pdb格式，然后在Autodock中导入，再另存为pdbqt即可
赞一下(12人) 回复此楼
3楼2009-12-12 17:39:45
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hijing

金虫 (小有名气)
谢谢，我会再继续学学MGL Tools的使用，还有问题请大家多多帮忙
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4楼2009-12-14 10:46:10
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-04 16:14:18
hijing(金币+5): 2010-05-06 18:31:08
其实  楼上的用MGLtools的话  再倒入ligand时候有这样的选择的  是有mol2的分子结构选择的  楼上的可以好好看看ligand到底支持哪些文件
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5楼2010-05-04 15:20:35
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