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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

[求助] 高斯优化分子固定问题 已有1人参与

一篇文章中提到优化分子without geometry relaxation,那这是怎么操作的,是在各原子后边写上-1代表固定,然后再优化么?如果是这样,一运行就会报错
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1234zou

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yeahhanpei: 金币+10 2017-08-02 14:35:17
显然只能固定部分原子进行优化,你要是全部加上-1固定,那还优化个啥,全都冻住了,显然会报错。所以你要做的是看清楚文章里作者固定的是哪些原子,你也固定那些原子。
要是还不行的话,上传log文件最后的报错信息。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2017-08-02 12:39:38
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 1234zou at 2017-08-02 12:39:38
显然只能固定部分原子进行优化,你要是全部加上-1固定,那还优化个啥,全都冻住了,显然会报错。所以你要做的是看清楚文章里作者固定的是哪些原子,你也固定那些原子。
要是还不行的话,上传log文件最后的报错信息 ...

谢谢您的回答,我又看了下文章,里面说,为了保持结构不变,在without geometry relaxtion 时,获得了其分子表面静电势。那有一个问题:不优化可以得到.wfn文件么,因为要画esp图。那route是不是把opt去掉就可以了,各原子还用写-1么?
谢谢您

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3楼2017-08-02 14:34:58
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小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yeahhanpei at 2017-08-02 14:34:58
谢谢您的回答,我又看了下文章,里面说,为了保持结构不变,在without geometry relaxtion 时,获得了其分子表面静电势。那有一个问题:不优化可以得到.wfn文件么,因为要画esp图。那route是不是把opt去掉就可以了, ...

我的理解是:你说的固定优化,和他这里说的这个不一样。他这里说的是固定得到静电势。
是不是这个情况:他的分子是从实验晶体里面取得,所以直接不优化,做了静电势计算?
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
4楼2017-08-02 16:11:52
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1234zou

金虫 (小有名气)

楼上说的有道理,题主你得自己确定是否有优化结构。如果没优化,-1那一列就要去掉,opt关键词去掉,直接算单点也有wfn,也有静电势;如果要优化,那也不能所有的原子都加-1,要搞清楚冻结哪些原子,冻结的才加-1。
5楼2017-08-02 18:22:27
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 1234zou at 2017-08-02 18:22:27
楼上说的有道理,题主你得自己确定是否有优化结构。如果没优化,-1那一列就要去掉,opt关键词去掉,直接算单点也有wfn,也有静电势;如果要优化,那也不能所有的原子都加-1,要搞清楚冻结哪些原子,冻结的才加-1。

明白了,谢谢您

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6楼2017-08-03 00:13:59
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小范范1989 at 2017-08-02 16:11:52
我的理解是:你说的固定优化,和他这里说的这个不一样。他这里说的是固定得到静电势。
是不是这个情况:他的分子是从实验晶体里面取得,所以直接不优化,做了静电势计算?...

是呢,是这样子

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7楼2017-08-03 00:14:22
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小范范1989

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by yeahhanpei at 2017-08-03 00:14:22
是呢,是这样子
...

类似于和楼上说的。这样简单。不需要opt也不要-1。直接做一次单点就出来了
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
8楼2017-08-03 07:48:07
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