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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯优化分子固定问题
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)

[求助] 高斯优化分子固定问题 已有1人参与

一篇文章中提到优化分子without geometry relaxation，那这是怎么操作的，是在各原子后边写上-1代表固定，然后再优化么?如果是这样，一运行就会报错
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1楼 2017-08-02 10:11:11
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1234zou

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yeahhanpei: 金币+10 2017-08-02 14:35:17
显然只能固定部分原子进行优化，你要是全部加上-1固定，那还优化个啥，全都冻住了，显然会报错。所以你要做的是看清楚文章里作者固定的是哪些原子，你也固定那些原子。
要是还不行的话，上传log文件最后的报错信息。
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yeahhanpei
2楼2017-08-02 12:39:38
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 1234zou at 2017-08-02 12:39:38
显然只能固定部分原子进行优化，你要是全部加上-1固定，那还优化个啥，全都冻住了，显然会报错。所以你要做的是看清楚文章里作者固定的是哪些原子，你也固定那些原子。
要是还不行的话，上传log文件最后的报错信息 ...

谢谢您的回答，我又看了下文章，里面说，为了保持结构不变，在without geometry relaxtion 时，获得了其分子表面静电势。那有一个问题:不优化可以得到.wfn文件么，因为要画esp图。那route是不是把opt去掉就可以了，各原子还用写-1么？
谢谢您

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3楼2017-08-02 14:34:58
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yeahhanpei at 2017-08-02 14:34:58
谢谢您的回答，我又看了下文章，里面说，为了保持结构不变，在without geometry relaxtion 时，获得了其分子表面静电势。那有一个问题:不优化可以得到.wfn文件么，因为要画esp图。那route是不是把opt去掉就可以了， ...

我的理解是：你说的固定优化，和他这里说的这个不一样。他这里说的是固定得到静电势。
是不是这个情况：他的分子是从实验晶体里面取得，所以直接不优化，做了静电势计算？
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
4楼2017-08-02 16:11:52
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1234zou

金虫 (小有名气)
楼上说的有道理，题主你得自己确定是否有优化结构。如果没优化，-1那一列就要去掉，opt关键词去掉，直接算单点也有wfn，也有静电势；如果要优化，那也不能所有的原子都加-1，要搞清楚冻结哪些原子，冻结的才加-1。
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5楼2017-08-02 18:22:27
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 1234zou at 2017-08-02 18:22:27
楼上说的有道理，题主你得自己确定是否有优化结构。如果没优化，-1那一列就要去掉，opt关键词去掉，直接算单点也有wfn，也有静电势；如果要优化，那也不能所有的原子都加-1，要搞清楚冻结哪些原子，冻结的才加-1。

明白了，谢谢您

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6楼2017-08-03 00:13:59
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yeahhanpei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小范范1989 at 2017-08-02 16:11:52
我的理解是：你说的固定优化，和他这里说的这个不一样。他这里说的是固定得到静电势。
是不是这个情况：他的分子是从实验晶体里面取得，所以直接不优化，做了静电势计算？...

是呢，是这样子

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7楼2017-08-03 00:14:22
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by yeahhanpei at 2017-08-03 00:14:22
是呢，是这样子
...

类似于和楼上说的。这样简单。不需要opt也不要-1。直接做一次单点就出来了
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8楼2017-08-03 07:48:07
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