应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Fe(001)表面自组装成膜分子力学计算
151/2返回列表12下一页
查看: 2361  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zdz103979358

新虫 (初入文坛)

[求助] Fe(001)表面自组装成膜分子力学计算

模拟内容如下：采用分子力学方法研究咪唑啉缓蚀剂分子在金属表面成膜机制，选取Fe（001）表面为模拟的金属表面，假定在Fe（001）表面的覆盖度为0.64nm/个，即咪唑啉在Fe(001)表面达到饱和吸附。模拟体系大小为：3.24nm×3.24nm×6.03nm，包含16个咪唑啉缓蚀剂分子。模拟力场选择CAMPASS，计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
    我的步骤是：1.Import/structure/metals/pure-metals/ Fe晶体;
2.切Fe(001)表面，设置深度为6：Build/Surface/Cleave   surface,Cleave  plane(h,k,l)输 入001，Depth输入6；
3.建立超晶胞：Build/Symmetry/Supercell,u=11,v=11.
4.去周期性：Build /Symmetry/non-periodic superstructure.
5.导入已经用高斯优化好的咪唑啉分子，并通过复制粘贴，使16个缓蚀剂分子均匀分布在Fe（001）表面。头接近Fe表面，尾部背离表面，16个缓蚀剂分子直立在Fe表面。
6.固定Fe。选定所有Fe原子，Modify/Constraints/点击Fix Carsesian position。
7.开始优化：Modules/Discover/Minimizer,计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
    我的问题是：优化完成后，文献上说缓蚀剂分子吸附在Fe表面，形成吸附角，与Fe表面形成一定的覆盖度。但是我模拟出来的图形是几乎没有吸附角，缓蚀剂仍然成直立，没有吸附角，且分布乱七八招的。
    这东西我弄很难久了，谁懂的教一下，在下感激不尽。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

模拟知识汇总 基金申请

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-04 11:52:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
谁懂的帮忙解决一下，急~~
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-05-05 12:06:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
谁能帮我看看我哪里错了

文献上的结果，缓蚀剂分子成一定的吸附角，排列规律



我构造的原图



我计算出来的结果，几乎没有吸附角，排列不规律。
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-04 11:56:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

geniusew

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-04 19:40:53
选择一个分子做下模拟试试。。不要16个
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-04 13:20:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
我觉得我应该是参数错了，谁做过的做个好人帮帮忙看看
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-07 10:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青菜001

金虫 (小有名气)
想问一下楼主，第四步的去周期性是出于什么目的呢？
赞一下 回复此楼
有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
6楼2012-05-07 15:03:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
从最后结果看，感觉没有运行多长时间啊
力场中怎么设置的电荷
我也想知道为什么要去掉周期性
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-08 22:48:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by visualization at 2012-05-08 22:48:40:
从最后结果看，感觉没有运行多长时间啊
力场中怎么设置的电荷
我也想知道为什么要去掉周期性

你说的设置电荷，我该怎么做呢？我刚接触，很多不懂的。去周期性，难道不要去的吗？我是看了一篇教程，模仿构建方法去构建的。如果你懂的话，请指教下~
赞一下 回复此楼
8楼2012-05-09 10:01:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-09 10:57:47
引用回帖:
8楼: Originally posted by zdz103979358 at 2012-05-09 10:01:37:
你说的设置电荷，我该怎么做呢？我刚接触，很多不懂的。去周期性，难道不要去的吗？我是看了一篇教程，模仿构建方法去构建的。如果你懂的话，请指教下~

我感觉你算的这个体系是不需要去掉周期性的。教程上的可能是采用量子力学方法计算类似团簇和分子的相互作用。电荷可以建构型之前不设置。在运算之前，点开setup,标签里的Automation和typing都选上yes,来赋值力场电荷。
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-09 10:13:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njut

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-20 22:51:33
放在无定型盒子里的，而且之前要指派电荷。你把文献传上来啊
赞一下 回复此楼
努力学，抓紧毕业
10楼2012-05-20 20:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zdz103979358 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 16:25 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:12 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:00 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:57 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:48 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:45 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:13 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:01 by Aj1rhIDL5ixY
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:00 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 10:11 by 23jxep3nCNZb
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 浙江师范大学是怎么坑我的 +10 recruit123 2026-09-09 15/750 2026-09-13 10:45 by seaskyy
[基金申请] 面上有专家说实验设备不是我们单位的 +6 zj_muchong 2026-09-08 8/400 2026-09-11 06:56 by suifengdao
[有机交流] 科研求助 10+4 我吃一只鱼 2026-09-07 4/200 2026-09-10 08:32 by 0940628
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭