应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Fe(001)表面自组装成膜分子力学计算
151/2返回列表12下一页
查看: 1872  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zdz103979358

新虫 (初入文坛)

[求助] Fe(001)表面自组装成膜分子力学计算

模拟内容如下：采用分子力学方法研究咪唑啉缓蚀剂分子在金属表面成膜机制，选取Fe（001）表面为模拟的金属表面，假定在Fe（001）表面的覆盖度为0.64nm/个，即咪唑啉在Fe(001)表面达到饱和吸附。模拟体系大小为：3.24nm×3.24nm×6.03nm，包含16个咪唑啉缓蚀剂分子。模拟力场选择CAMPASS，计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
    我的步骤是：1.Import/structure/metals/pure-metals/ Fe晶体;
2.切Fe(001)表面，设置深度为6：Build/Surface/Cleave   surface,Cleave  plane(h,k,l)输 入001，Depth输入6；
3.建立超晶胞：Build/Symmetry/Supercell,u=11,v=11.
4.去周期性：Build /Symmetry/non-periodic superstructure.
5.导入已经用高斯优化好的咪唑啉分子，并通过复制粘贴，使16个缓蚀剂分子均匀分布在Fe（001）表面。头接近Fe表面，尾部背离表面，16个缓蚀剂分子直立在Fe表面。
6.固定Fe。选定所有Fe原子，Modify/Constraints/点击Fix Carsesian position。
7.开始优化：Modules/Discover/Minimizer,计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
    我的问题是：优化完成后，文献上说缓蚀剂分子吸附在Fe表面，形成吸附角，与Fe表面形成一定的覆盖度。但是我模拟出来的图形是几乎没有吸附角，缓蚀剂仍然成直立，没有吸附角，且分布乱七八招的。
    这东西我弄很难久了，谁懂的教一下，在下感激不尽。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

模拟知识汇总 基金申请

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-05-04 11:52:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
谁懂的帮忙解决一下，急~~
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-05-05 12:06:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
谁能帮我看看我哪里错了

文献上的结果，缓蚀剂分子成一定的吸附角，排列规律



我构造的原图



我计算出来的结果，几乎没有吸附角，排列不规律。
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-04 11:56:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

geniusew

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-04 19:40:53
选择一个分子做下模拟试试。。不要16个
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-04 13:20:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
我觉得我应该是参数错了，谁做过的做个好人帮帮忙看看
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-07 10:59:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

青菜001

金虫 (小有名气)
想问一下楼主，第四步的去周期性是出于什么目的呢？
赞一下 回复此楼
有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
6楼2012-05-07 15:03:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
从最后结果看，感觉没有运行多长时间啊
力场中怎么设置的电荷
我也想知道为什么要去掉周期性
赞一下 回复此楼
7楼2012-05-08 22:48:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by visualization at 2012-05-08 22:48:40:
从最后结果看，感觉没有运行多长时间啊
力场中怎么设置的电荷
我也想知道为什么要去掉周期性

你说的设置电荷，我该怎么做呢？我刚接触，很多不懂的。去周期性，难道不要去的吗？我是看了一篇教程，模仿构建方法去构建的。如果你懂的话，请指教下~
赞一下 回复此楼
8楼2012-05-09 10:01:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-09 10:57:47
引用回帖:
8楼: Originally posted by zdz103979358 at 2012-05-09 10:01:37:
你说的设置电荷，我该怎么做呢？我刚接触，很多不懂的。去周期性，难道不要去的吗？我是看了一篇教程，模仿构建方法去构建的。如果你懂的话，请指教下~

我感觉你算的这个体系是不需要去掉周期性的。教程上的可能是采用量子力学方法计算类似团簇和分子的相互作用。电荷可以建构型之前不设置。在运算之前，点开setup,标签里的Automation和typing都选上yes,来赋值力场电荷。
赞一下 回复此楼
9楼2012-05-09 10:13:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njut

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-20 22:51:33
放在无定型盒子里的，而且之前要指派电荷。你把文献传上来啊
赞一下 回复此楼
努力学，抓紧毕业
10楼2012-05-20 20:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zdz103979358 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 焦虑 +6 水冰月月野兔 2026-03-13 8/400 2026-03-16 06:39 by lfq_198989
[考研] 东南大学364求调剂 +3 JasonYuiui 2026-03-15 3/150 2026-03-15 18:57 by 无际的草原
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 一志愿湖师大化学289求调剂 +6 XMCMM3.14159 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:28 by JourneyLucky
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 285 求调剂 资源与环境 一志愿北京化工大学 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:06 by 星空星月
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 7/350 2026-03-13 16:06 by ruiyingmiao
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +4 ly3471z 2026-03-13 4/200 2026-03-13 13:00 by JourneyLucky
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考研] 327分求调剂086 +4 西红柿?小帅 2026-03-09 7/350 2026-03-10 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿山东大学，总分327，英语二79，有论文，有竞赛，已过四六级 +3 木木目目1 2026-03-09 3/150 2026-03-09 19:52 by yuningshan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭