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zdz103979358

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 102.5
帖子: 9
在线: 29.5小时
虫号: 1196494
注册: 2011-01-26
性别: GG
专业: 能源化工

[求助] Fe(001)表面自组装成膜分子力学计算

模拟内容如下：采用分子力学方法研究咪唑啉缓蚀剂分子在金属表面成膜机制，选取Fe（001）表面为模拟的金属表面，假定在Fe（001）表面的覆盖度为0.64nm/个，即咪唑啉在Fe(001)表面达到饱和吸附。模拟体系大小为：3.24nm×3.24nm×6.03nm，包含16个咪唑啉缓蚀剂分子。模拟力场选择CAMPASS，计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
我的步骤是：1.Import/structure/metals/pure-metals/ Fe晶体;
2.切Fe(001)表面，设置深度为6：Build/Surface/Cleave surface,Cleave plane(h,k,l)输入001，Depth输入6；
3.建立超晶胞：Build/Symmetry/Supercell,u=11,v=11.
4.去周期性：Build /Symmetry/non-periodic superstructure.
5.导入已经用高斯优化好的咪唑啉分子，并通过复制粘贴，使16个缓蚀剂分子均匀分布在Fe（001）表面。头接近Fe表面，尾部背离表面，16个缓蚀剂分子直立在Fe表面。
6.固定Fe。选定所有Fe原子，Modify/Constraints/点击Fix Carsesian position。
7.开始优化：Modules/Discover/Minimizer,计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
我的问题是：优化完成后，文献上说缓蚀剂分子吸附在Fe表面，形成吸附角，与Fe表面形成一定的覆盖度。但是我模拟出来的图形是几乎没有吸附角，缓蚀剂仍然成直立，没有吸附角，且分布乱七八招的。
这东西我弄很难久了，谁懂的教一下，在下感激不尽。

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