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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Fe(001)表面自组装成膜分子力学计算
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zdz103979358

新虫 (初入文坛)

[求助] Fe(001)表面自组装成膜分子力学计算

模拟内容如下：采用分子力学方法研究咪唑啉缓蚀剂分子在金属表面成膜机制，选取Fe（001）表面为模拟的金属表面，假定在Fe（001）表面的覆盖度为0.64nm/个，即咪唑啉在Fe(001)表面达到饱和吸附。模拟体系大小为：3.24nm×3.24nm×6.03nm，包含16个咪唑啉缓蚀剂分子。模拟力场选择CAMPASS，计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
    我的步骤是：1.Import/structure/metals/pure-metals/ Fe晶体;
2.切Fe(001)表面，设置深度为6：Build/Surface/Cleave   surface,Cleave  plane(h,k,l)输 入001，Depth输入6；
3.建立超晶胞：Build/Symmetry/Supercell,u=11,v=11.
4.去周期性：Build /Symmetry/non-periodic superstructure.
5.导入已经用高斯优化好的咪唑啉分子，并通过复制粘贴，使16个缓蚀剂分子均匀分布在Fe（001）表面。头接近Fe表面，尾部背离表面，16个缓蚀剂分子直立在Fe表面。
6.固定Fe。选定所有Fe原子，Modify/Constraints/点击Fix Carsesian position。
7.开始优化：Modules/Discover/Minimizer,计算方法选择Smart Minimizer ,采用Ultra-fine收敛精度，模拟的步数设为20000步。
    我的问题是：优化完成后，文献上说缓蚀剂分子吸附在Fe表面，形成吸附角，与Fe表面形成一定的覆盖度。但是我模拟出来的图形是几乎没有吸附角，缓蚀剂仍然成直立，没有吸附角，且分布乱七八招的。
    这东西我弄很难久了，谁懂的教一下，在下感激不尽。
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1楼 2012-05-04 11:52:37
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zdz103979358

新虫 (初入文坛)
谁懂的帮忙解决一下，急~~
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4楼2012-05-05 12:06:51
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普通回帖

zdz103979358

新虫 (初入文坛)
谁能帮我看看我哪里错了

文献上的结果，缓蚀剂分子成一定的吸附角，排列规律



我构造的原图



我计算出来的结果，几乎没有吸附角，排列不规律。
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2楼2012-05-04 11:56:37
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geniusew

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-04 19:40:53
选择一个分子做下模拟试试。。不要16个
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3楼2012-05-04 13:20:16
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zdz103979358

新虫 (初入文坛)
我觉得我应该是参数错了，谁做过的做个好人帮帮忙看看
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5楼2012-05-07 10:59:20
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青菜001

金虫 (小有名气)
想问一下楼主，第四步的去周期性是出于什么目的呢？
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有问题可以私下里探讨，1986319688@qq.com
6楼2012-05-07 15:03:37
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visualization

金虫 (小有名气)
从最后结果看，感觉没有运行多长时间啊
力场中怎么设置的电荷
我也想知道为什么要去掉周期性
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7楼2012-05-08 22:48:40
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zdz103979358

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by visualization at 2012-05-08 22:48:40:
从最后结果看，感觉没有运行多长时间啊
力场中怎么设置的电荷
我也想知道为什么要去掉周期性

你说的设置电荷，我该怎么做呢？我刚接触，很多不懂的。去周期性，难道不要去的吗？我是看了一篇教程，模仿构建方法去构建的。如果你懂的话，请指教下~
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8楼2012-05-09 10:01:37
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visualization

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-05-09 10:57:47
引用回帖:
8楼: Originally posted by zdz103979358 at 2012-05-09 10:01:37:
你说的设置电荷，我该怎么做呢？我刚接触，很多不懂的。去周期性，难道不要去的吗？我是看了一篇教程，模仿构建方法去构建的。如果你懂的话，请指教下~

我感觉你算的这个体系是不需要去掉周期性的。教程上的可能是采用量子力学方法计算类似团簇和分子的相互作用。电荷可以建构型之前不设置。在运算之前，点开setup,标签里的Automation和typing都选上yes,来赋值力场电荷。
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9楼2012-05-09 10:13:10
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njut

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-20 22:51:33
放在无定型盒子里的，而且之前要指派电荷。你把文献传上来啊
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努力学，抓紧毕业
10楼2012-05-20 20:45:18
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