| 查看: 3084 | 回复: 6 | |||
[求助]
关于用高斯进行二面角扭转势能的计算 已有1人参与
|
|
目前刚刚接触高斯，有很多东西不懂 还请大神们多多帮助！想通过高斯得到二面角扭转项的参数 现有一些问题希望得到大家的指点！ ———————————————————————————————————————————————————————————————————————————— 问题一： 改变分子的某个二面角进行势能面扫描，得到的势能是整个分子所具有的能量还是二面角扭转能呀 如果不是，那我该怎样得到二面角扭转能呀？ ———————————————————————————————————————————————————————————————————————————— 问题一： 1.以优化后的构型（图1）进行scan 输入文件如下： %chk=butenal scan4.chk # scan mp2/6-31g(d,p) butenal scan4 0 1 C H 1 B1 H 1 B2 2 A1 H 1 B3 3 A2 2 D1 0 C 1 B4 3 A3 2 D2 0 C 5 B5 1 A4 3 D3 0 H 6 B6 5 A5 1 D4 0 C 6 B7 5 A6 1 D5 0 H 5 B8 1 A7 6 D6 0 O 8 B9 6 A8 5 D7 0 H 8 B10 6 A9 5 D8 0 B1 1.09098656 B2 1.08851522 B3 1.09094809 B4 1.49214883 B5 1.34335747 B6 1.08420808 B7 1.47715825 B8 1.08560982 B9 1.22858510 B10 1.10404410 A1 108.52928043 A2 108.53343303 A3 111.55379702 A4 125.03776157 A5 121.24817021 A6 121.03055676 A7 117.87920670 A8 124.24945530 A9 115.54645890 D1 -115.78660028 D2 122.10468426 D3 0.02253979 D4 0.02458913 D5 -179.97564359 D6 -179.98071445 D7 -180.00000000 180 2.000 D8 0.00000000 但是在扫描过程中原子11和10连在一起了，见图2 然后我进行了如下修改 即定义原子11时使用的是两个键角来确定其空间位置，而非一个键角一个二面角 目的是为了固定原子8 10 10组成的键角以免在二面角改变的时候11和10连在一起了。手册上关于这部分“另一种z-矩阵格式”里面有提到 ，但是没有看明白。 我是这样修改的， 0 1 C H 1 B1 H 1 B2 2 A1 H 1 B3 3 A2 2 D1 0 C 1 B4 3 A3 2 D2 0 C 5 B5 1 A4 3 D3 0 H 6 B6 5 A5 1 D4 0 C 6 B7 5 A6 1 D5 0 H 5 B8 1 A7 6 D6 0 O 8 B9 6 A8 5 D7 0 H 8 B10 6 A9 10 A10 1 但是用view无法打开，提示几何构型错误（见图3）。我想可能是我这里的修改不正确，不知道该怎样修改呀。希望高手能教教我  —————————————————————————————————————————————————————————————————————————--------— 问题完  丁烯醛优化构型  扫描过程中10与11连在一起了  提示的错误 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量子化学 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
γ-NiOOH的cif文件求助
已经有0人回复
-
国家青年基金祈福
已经有58人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有231人回复
-
分子筛催化剂
已经有1人回复
-
青岛大学国家优青团队急招一名26年秋季入学博士（报名截止时间为6月17号下午1点）
已经有8人回复
-
福建理工大学资源化学专业正式获批并启动招生
已经有27人回复
-
Crystals（IF=2.9）- Special Issue invatation- Functional Materials
已经有0人回复
-
分子筛催化方向 一篇cej共一第一 可以申请上海什么学校呢
已经有2人回复
-
求助共晶分子筛的电镜图分析，有偿
已经有0人回复
-
南京大学软物质计算模拟方向硕博连读/直博生招生
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
枪下游魂
木虫 (著名写手)
- 应助: 718 (博后)
- 金币: 8336.9
- 散金: 175
- 红花: 80
- 帖子: 1498
- 在线: 542.6小时
- 虫号: 2620258
- 注册: 2013-08-28
- 专业: 理论和计算化学
2楼2015-11-12 11:41:43
送红花一朵 |
谢谢您的回复 11 8 10组成的键角优化后的键角是120.24053 所以我是这样设置的 按照您的方式修改成120之后用view可以打开了 但是不明白为何5 6 8 10在一个平面的话 角度不能超过120度呀 发自小木虫Android客户端 |
3楼2015-11-12 19:51:58
4楼2015-11-12 19:53:37
小范范1989
木虫 (著名写手)
- 应助: 123 (高中生)
- 金币: 3821.3
- 散金: 968
- 红花: 243
- 帖子: 1979
- 在线: 452.8小时
- 虫号: 2013403
- 注册: 2012-09-19
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
5楼2015-11-12 20:41:53
枪下游魂
木虫 (著名写手)
- 应助: 718 (博后)
- 金币: 8336.9
- 散金: 175
- 红花: 80
- 帖子: 1498
- 在线: 542.6小时
- 虫号: 2620258
- 注册: 2013-08-28
- 专业: 理论和计算化学
6楼2015-11-13 07:06:27
|
谢谢您的解释 不过我现在又遇到了新的问题 计算分子中某个原子与一个氖原子之间的相互作用能用高斯怎么实现呀 目的是为了通过拟合得到LJ势能方程中的非键作用参数（井深和原子半径）看到别人有用scan的 但是不知道如何确定氖原子与另外一个原子的空间位置 发自小木虫Android客户端 |
7楼2015-11-13 12:19:14