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雨思瑶

新虫 (小有名气)

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[求助] 关于用高斯进行二面角扭转势能的计算已有1人参与

目前刚刚接触高斯，有很多东西不懂还请大神们多多帮助！想通过高斯得到二面角扭转项的参数现有一些问题希望得到大家的指点！
————————————————————————————————————————————————————————————————————————————
问题一：
改变分子的某个二面角进行势能面扫描，得到的势能是整个分子所具有的能量还是二面角扭转能呀如果不是，那我该怎样得到二面角扭转能呀？
————————————————————————————————————————————————————————————————————————————
问题一：
1.以优化后的构型（图1）进行scan 输入文件如下：
%chk=butenal scan4.chk
# scan mp2/6-31g(d,p)

butenal scan4

0 1
C
H                1          B1
H                1          B2 2          A1
H                1          B3 3          A2 2          D1 0
C                1          B4 3          A3 2          D2 0
C                5          B5 1          A4 3          D3 0
H                6          B6 5          A5 1          D4 0
C                6          B7 5          A6 1          D5 0
H                5          B8 1          A7 6          D6 0
O                8          B9 6          A8 5          D7 0
H                8          B10 6          A9 5          D8 0

B1          1.09098656
B2          1.08851522
B3          1.09094809
B4          1.49214883
B5          1.34335747
B6          1.08420808
B7          1.47715825
B8          1.08560982
B9          1.22858510
B10          1.10404410
A1          108.52928043
A2          108.53343303
A3          111.55379702
A4          125.03776157
A5          121.24817021
A6          121.03055676
A7          117.87920670
A8          124.24945530
A9          115.54645890
D1       -115.78660028
D2          122.10468426
D3          0.02253979
D4          0.02458913
D5       -179.97564359
D6       -179.98071445
D7          -180.00000000             180             2.000
D8          0.00000000
但是在扫描过程中原子11和10连在一起了，见图2
然后我进行了如下修改即定义原子11时使用的是两个键角来确定其空间位置，而非一个键角一个二面角目的是为了固定原子8 10 10组成的键角以免在二面角改变的时候11和10连在一起了。手册上关于这部分“另一种z-矩阵格式”里面有提到，但是没有看明白。
我是这样修改的，
0 1
C
H                1          B1
H                1          B2 2          A1
H                1          B3 3          A2 2          D1 0
C                1          B4 3          A3 2          D2 0
C                5          B5 1          A4 3          D3 0
H                6          B6 5          A5 1          D4 0
C                6          B7 5          A6 1          D5 0
H                5          B8 1          A7 6          D6 0
O                8          B9 6          A8 5          D7 0
H                8          B10 6          A9 10          A10 1
但是用view无法打开，提示几何构型错误（见图3）。我想可能是我这里的修改不正确，不知道该怎样修改呀。希望高手能教教我

—————————————————————————————————————————————————————————————————————————--------—

问题完

丁烯醛优化构型

扫描过程中10与11连在一起了

提示的错误

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雨思瑶

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1楼 2015-11-12 10:25:52

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【答案】应助回帖

引用回帖:

3楼: Originally posted by 雨思瑶 at 2015-11-12 19:51:58
谢谢您的回复 11 8 10组成的键角优化后的键角是120.24053 所以我是这样设置的按照您的方式修改成120之后用view可以打开了但是不明白为何5 6 8 10在一个平面的话角度不能超过120度呀
...

关键是6 8 10 11这4个点共平面的话，以8为中心，6 8 10,10 8 11,11 8 6，这3个角的和不能大于360啊