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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】能量优化、频率分析中的原子限定问题
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chemozhang

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】能量优化、频率分析中的原子限定问题


我想对上述Claisen重排反应过程用高斯进行计算模拟。
首先是对反应物A、产物B进行能量优化及频率分析
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test
然后对过渡态进行能量优化及频率分析。

刚刚接触高斯，由于分子A,B都比较大，我想对图中红色标记刚性的原子进行固定，以节省计算时间。
小弟有几个问题想请较一下各位老手：
1、 这样的原子固定是否可行，会不会对结果有大的影响？
2、如何在gjf文件中如何对这些原子的进行固定？
3、该反应经过6元环过渡态TS，如何在GaussView中画过渡态结构，怎么画快要断裂的键，及快要形成的键？
谢谢！
以下是A,B两个分子的gjf文件。

分子A：
%chk=D:\A.chk
%nprocshared=1
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test

A

0 1
C                  3.58908800  -16.05509900    0.00008000
C                  3.54701600  -17.38645700    0.00007000
C                  4.79870200  -18.15398600    0.00004300
C                  5.96693200  -17.51469000    0.00002800
C                  6.00051200  -16.08917400    0.00003800
C                  4.88109800  -15.37948600    0.00006400
O                  7.13111900  -18.21046200    0.00000200
C                  8.39010900  -17.61212100   -0.00003300
C                  8.48420000  -16.27227600   -0.00002600
C                  7.26949600  -15.43947000    0.00001800
C                  9.67596500  -18.46575000   -0.00009200
C                 10.87199600  -17.81381400   -0.00014400
C                 10.89684400  -16.35481300   -0.00012600
C                  9.78873100  -15.63101200   -0.00006900
O                 12.20556800  -18.41206600   -0.00022200
F                 12.08074400  -15.72779200   -0.00016900
F                  9.89177700  -14.29462500   -0.00005800
N                  7.33720400  -14.16538600    0.00002600
C                  4.97010800  -13.93642800    0.00007400
C                  6.17300500  -13.36602300    0.00005600
O                  9.64764900  -19.92180500   -0.00009800
C                  8.38756900  -20.60039400   -0.00003100
C                 12.36806400  -19.83661100   -0.00026700
C                 13.81953300  -20.19664200   -0.00036800
C                 14.18268900  -21.47623900   -0.00050900
H                  2.69148500  -15.49089100    0.00009900
H                  2.61367200  -17.88972100    0.00008000
H                  4.77354600  -19.21412000    0.00003500
H                  4.09139200  -13.34315600    0.00009500
H                  6.25713300  -12.30912900    0.00006400
H                  8.55856600  -21.68606900   -0.00004300
H                  7.81849000  -20.31987800   -0.89861400
H                  7.81859000  -20.31988300    0.89861800
H                 11.89251000  -20.28139700    0.88556600
H                 11.89239800  -20.28135900   -0.88605900
H                 14.55673800  -19.43366700   -0.00033400
H                 13.44226400  -22.23641000   -0.00054800
H                 15.21128300  -21.73628000   -0.00058500

1 2 2.0 6 1.0 26 1.0
2 3 1.0 27 1.0
3 4 2.0 28 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 6 2.0 10 1.0
6 19 1.0
7 8 1.0
8 9 2.0 11 1.0
9 10 1.0 14 1.0
10 18 2.0
11 12 2.0 21 1.0
12 13 1.0 15 1.0
13 14 2.0 16 1.0
14 17 1.0
15 23 1.0
16
17
18 20 1.0
19 20 2.0 29 1.0
20 30 1.0
21 22 1.0
22 31 1.0 32 1.0 33 1.0
23 24 1.0 34 1.0 35 1.0
24 25 2.0 36 1.0
25 37 1.0 38 1.0
26
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29
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31
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33
34
35
36
37
38

分子B：
%chk=D:\B.chk
%nprocshared=1
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test

B

0 1
C                 34.43129200  -16.17151100    0.41808200
C                 34.48192600  -17.50180900    0.37144200
C                 35.77667300  -18.17617700    0.21409700
C                 36.89139000  -17.45426400    0.11827600
C                 36.82613000  -16.02743000    0.16846000
C                 35.66578500  -15.40287000    0.31143500
O                 38.09310400  -18.06245500   -0.02757500
C                 39.28845100  -17.36463200   -0.14875200
C                 39.30597400  -16.01887800   -0.09956200
C                 38.04118500  -15.28208900    0.06255600
C                 40.57316800  -18.18671900   -0.31326000
C                 41.81468200  -17.32125700   -0.36197900
C                 41.73141200  -15.88023700   -0.31395000
C                 40.56581200  -15.26180600   -0.19532400
O                 42.92521100  -17.83956500   -0.52011400
O                 40.57055500  -18.99454100   -1.56361200
C                 40.64817800  -19.17417500    0.90360900
F                 42.85444900  -15.15466600   -0.39493700
F                 40.55506700  -13.92226700   -0.15595800
N                 38.01633600  -14.00735300    0.10726800
C                 35.65199100  -13.95766300    0.35937800
C                 36.80447800  -13.29879900    0.25919200
C                 39.46159400  -19.91799900   -1.79061300
C                 41.85218000  -20.07713300    0.84949600
C                 42.07742600  -20.93500300    1.83971000
H                 33.50149300  -15.67485500    0.53163300
H                 33.59073600  -18.07134300    0.44778800
H                 35.82475200  -19.23469600    0.17644600
H                 40.67856000  -18.60833100    1.84455500
H                 39.75367100  -19.80916000    0.94413100
H                 34.73825300  -13.43204600    0.47319700
H                 36.81226900  -12.23910100    0.29291100
H                 39.61371600  -20.42581500   -2.75270400
H                 38.51449300  -19.36513200   -1.82565300
H                 39.41589600  -20.67228300   -0.99481000
H                 42.51487600  -20.03609300    0.02345600
H                 41.41052700  -20.97906900    2.66337100
H                 42.92267500  -21.57515100    1.80522100

1 2 2.0 6 1.0 26 1.0
2 3 1.0 27 1.0
3 4 2.0 28 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 6 2.0 10 1.0
6 21 1.0
7 8 1.0
8 9 2.0 11 1.0
9 10 1.0 14 1.0
10 20 2.0
11 12 1.0 16 1.0 17 1.0
12 13 1.0 15 2.0
13 14 2.0 18 1.0
14 19 1.0
15
16 23 1.0
17 24 1.0 29 1.0 30 1.0
18
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23 33 1.0 34 1.0 35 1.0
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1楼 2011-04-09 13:16:53
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375642546

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
chemozhang(金币+2): 多谢！还请较如何画过渡态的结构呢？ 2011-04-09 16:33:58
小红豆(金币+3): 感谢交流 常来 2011-04-11 09:50:58
我们版的置顶帖儿GaussianFAQ会对你有帮助的。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146

你在这里可以看到（1）怎么固定某部分原子
也可以看到（2）什么是过渡态，什么是中间态

但是我不建议你固定原子，与其那样还不如直接模型化，把分子结构调小呢。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-04-09 16:14:44
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chemozhang

木虫 (正式写手)
还请教如何过渡态的结构如何画呢？
反应中要断裂的键，将反应物中相应原子距离拉长？
反应中要生成的键，将反应物中相应原子距离拉近吗？
谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-09 20:06:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

olay

木虫 (正式写手)
哇，好高深啊！
回复此楼
4楼2013-08-20 11:41:04
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