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chemozhang

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】能量优化、频率分析中的原子限定问题

我想对上述Claisen重排反应过程用高斯进行计算模拟。
首先是对反应物A、产物B进行能量优化及频率分析
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test
然后对过渡态进行能量优化及频率分析。

刚刚接触高斯，由于分子A,B都比较大，我想对图中红色标记刚性的原子进行固定，以节省计算时间。
小弟有几个问题想请较一下各位老手：
1、这样的原子固定是否可行，会不会对结果有大的影响？
2、如何在gjf文件中如何对这些原子的进行固定？
3、该反应经过6元环过渡态TS，如何在GaussView中画过渡态结构，怎么画快要断裂的键，及快要形成的键？
谢谢！
以下是A,B两个分子的gjf文件。

分子A：
%chk=D:\A.chk
%nprocshared=1
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test

A

0 1
C                3.58908800  -16.05509900 0.00008000
C                3.54701600  -17.38645700 0.00007000
C                4.79870200  -18.15398600 0.00004300
C                5.96693200  -17.51469000 0.00002800
C                6.00051200  -16.08917400 0.00003800
C                4.88109800  -15.37948600 0.00006400
O                7.13111900  -18.21046200 0.00000200
C                8.39010900  -17.61212100 -0.00003300
C                8.48420000  -16.27227600 -0.00002600
C                7.26949600  -15.43947000 0.00001800
C                9.67596500  -18.46575000 -0.00009200
C                10.87199600  -17.81381400 -0.00014400
C                10.89684400  -16.35481300 -0.00012600
C                9.78873100  -15.63101200 -0.00006900
O                12.20556800  -18.41206600 -0.00022200
F                12.08074400  -15.72779200 -0.00016900
F                9.89177700  -14.29462500 -0.00005800
N                7.33720400  -14.16538600 0.00002600
C                4.97010800  -13.93642800 0.00007400
C                6.17300500  -13.36602300 0.00005600
O                9.64764900  -19.92180500 -0.00009800
C                8.38756900  -20.60039400 -0.00003100
C                12.36806400  -19.83661100 -0.00026700
C                13.81953300  -20.19664200 -0.00036800
C                14.18268900  -21.47623900 -0.00050900
H                2.69148500  -15.49089100 0.00009900
H                2.61367200  -17.88972100 0.00008000
H                4.77354600  -19.21412000 0.00003500
H                4.09139200  -13.34315600 0.00009500
H                6.25713300  -12.30912900 0.00006400
H                8.55856600  -21.68606900 -0.00004300
H                7.81849000  -20.31987800 -0.89861400
H                7.81859000  -20.31988300 0.89861800
H                11.89251000  -20.28139700 0.88556600
H                11.89239800  -20.28135900 -0.88605900
H                14.55673800  -19.43366700 -0.00033400
H                13.44226400  -22.23641000 -0.00054800
H                15.21128300  -21.73628000 -0.00058500

1 2 2.0 6 1.0 26 1.0
2 3 1.0 27 1.0
3 4 2.0 28 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 6 2.0 10 1.0
6 19 1.0
7 8 1.0
8 9 2.0 11 1.0
9 10 1.0 14 1.0
10 18 2.0
11 12 2.0 21 1.0
12 13 1.0 15 1.0
13 14 2.0 16 1.0
14 17 1.0
15 23 1.0
16
17
18 20 1.0
19 20 2.0 29 1.0
20 30 1.0
21 22 1.0
22 31 1.0 32 1.0 33 1.0
23 24 1.0 34 1.0 35 1.0
24 25 2.0 36 1.0
25 37 1.0 38 1.0
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38

分子B：
%chk=D:\B.chk
%nprocshared=1
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test

B

0 1
C                34.43129200  -16.17151100 0.41808200
C                34.48192600  -17.50180900 0.37144200
C                35.77667300  -18.17617700 0.21409700
C                36.89139000  -17.45426400 0.11827600
C                36.82613000  -16.02743000 0.16846000
C                35.66578500  -15.40287000 0.31143500
O                38.09310400  -18.06245500 -0.02757500
C                39.28845100  -17.36463200 -0.14875200
C                39.30597400  -16.01887800 -0.09956200
C                38.04118500  -15.28208900 0.06255600
C                40.57316800  -18.18671900 -0.31326000
C                41.81468200  -17.32125700 -0.36197900
C                41.73141200  -15.88023700 -0.31395000
C                40.56581200  -15.26180600 -0.19532400
O                42.92521100  -17.83956500 -0.52011400
O                40.57055500  -18.99454100 -1.56361200
C                40.64817800  -19.17417500 0.90360900
F                42.85444900  -15.15466600 -0.39493700
F                40.55506700  -13.92226700 -0.15595800
N                38.01633600  -14.00735300 0.10726800
C                35.65199100  -13.95766300 0.35937800
C                36.80447800  -13.29879900 0.25919200
C                39.46159400  -19.91799900 -1.79061300
C                41.85218000  -20.07713300 0.84949600
C                42.07742600  -20.93500300 1.83971000
H                33.50149300  -15.67485500 0.53163300
H                33.59073600  -18.07134300 0.44778800
H                35.82475200  -19.23469600 0.17644600
H                40.67856000  -18.60833100 1.84455500
H                39.75367100  -19.80916000 0.94413100
H                34.73825300  -13.43204600 0.47319700
H                36.81226900  -12.23910100 0.29291100
H                39.61371600  -20.42581500 -2.75270400
H                38.51449300  -19.36513200 -1.82565300
H                39.41589600  -20.67228300 -0.99481000
H                42.51487600  -20.03609300 0.02345600
H                41.41052700  -20.97906900 2.66337100
H                42.92267500  -21.57515100 1.80522100

1 2 2.0 6 1.0 26 1.0
2 3 1.0 27 1.0
3 4 2.0 28 1.0
4 5 1.0 7 1.0
5 6 2.0 10 1.0
6 21 1.0
7 8 1.0
8 9 2.0 11 1.0
9 10 1.0 14 1.0
10 20 2.0
11 12 1.0 16 1.0 17 1.0
12 13 1.0 15 2.0
13 14 2.0 18 1.0
14 19 1.0
15
16 23 1.0
17 24 1.0 29 1.0 30 1.0
18
19
20 22 1.0
21 22 2.0 31 1.0
22 32 1.0
23 33 1.0 34 1.0 35 1.0
24 25 2.0 36 1.0
25 37 1.0 38 1.0
26
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[ Last edited by chemozhang on 2011-4-9 at 13:20 ]

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1楼 2011-04-09 13:16:53

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375642546

木虫 (正式写手)

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★ ★ ★
chemozhang(金币+2): 多谢！还请较如何画过渡态的结构呢？ 2011-04-09 16:33:58
小红豆(金币+3): 感谢交流常来 2011-04-11 09:50:58

我们版的置顶帖儿GaussianFAQ会对你有帮助的。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146

你在这里可以看到（1）怎么固定某部分原子
也可以看到（2）什么是过渡态，什么是中间态

但是我不建议你固定原子，与其那样还不如直接模型化，把分子结构调小呢。