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[交流]
【求助】能量优化、频率分析中的原子限定问题
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 我想对上述Claisen重排反应过程用高斯进行计算模拟。 首先是对反应物A、产物B进行能量优化及频率分析 # opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test 然后对过渡态进行能量优化及频率分析。 刚刚接触高斯，由于分子A,B都比较大，我想对图中红色标记刚性的原子进行固定，以节省计算时间。 小弟有几个问题想请较一下各位老手： 1、 这样的原子固定是否可行，会不会对结果有大的影响？ 2、如何在gjf文件中如何对这些原子的进行固定？ 3、该反应经过6元环过渡态TS，如何在GaussView中画过渡态结构，怎么画快要断裂的键，及快要形成的键？ 谢谢！ 以下是A,B两个分子的gjf文件。 分子A： %chk=D:\A.chk %nprocshared=1 # opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test A 0 1 C 3.58908800 -16.05509900 0.00008000 C 3.54701600 -17.38645700 0.00007000 C 4.79870200 -18.15398600 0.00004300 C 5.96693200 -17.51469000 0.00002800 C 6.00051200 -16.08917400 0.00003800 C 4.88109800 -15.37948600 0.00006400 O 7.13111900 -18.21046200 0.00000200 C 8.39010900 -17.61212100 -0.00003300 C 8.48420000 -16.27227600 -0.00002600 C 7.26949600 -15.43947000 0.00001800 C 9.67596500 -18.46575000 -0.00009200 C 10.87199600 -17.81381400 -0.00014400 C 10.89684400 -16.35481300 -0.00012600 C 9.78873100 -15.63101200 -0.00006900 O 12.20556800 -18.41206600 -0.00022200 F 12.08074400 -15.72779200 -0.00016900 F 9.89177700 -14.29462500 -0.00005800 N 7.33720400 -14.16538600 0.00002600 C 4.97010800 -13.93642800 0.00007400 C 6.17300500 -13.36602300 0.00005600 O 9.64764900 -19.92180500 -0.00009800 C 8.38756900 -20.60039400 -0.00003100 C 12.36806400 -19.83661100 -0.00026700 C 13.81953300 -20.19664200 -0.00036800 C 14.18268900 -21.47623900 -0.00050900 H 2.69148500 -15.49089100 0.00009900 H 2.61367200 -17.88972100 0.00008000 H 4.77354600 -19.21412000 0.00003500 H 4.09139200 -13.34315600 0.00009500 H 6.25713300 -12.30912900 0.00006400 H 8.55856600 -21.68606900 -0.00004300 H 7.81849000 -20.31987800 -0.89861400 H 7.81859000 -20.31988300 0.89861800 H 11.89251000 -20.28139700 0.88556600 H 11.89239800 -20.28135900 -0.88605900 H 14.55673800 -19.43366700 -0.00033400 H 13.44226400 -22.23641000 -0.00054800 H 15.21128300 -21.73628000 -0.00058500 1 2 2.0 6 1.0 26 1.0 2 3 1.0 27 1.0 3 4 2.0 28 1.0 4 5 1.0 7 1.0 5 6 2.0 10 1.0 6 19 1.0 7 8 1.0 8 9 2.0 11 1.0 9 10 1.0 14 1.0 10 18 2.0 11 12 2.0 21 1.0 12 13 1.0 15 1.0 13 14 2.0 16 1.0 14 17 1.0 15 23 1.0 16 17 18 20 1.0 19 20 2.0 29 1.0 20 30 1.0 21 22 1.0 22 31 1.0 32 1.0 33 1.0 23 24 1.0 34 1.0 35 1.0 24 25 2.0 36 1.0 25 37 1.0 38 1.0 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 分子B： %chk=D:\B.chk %nprocshared=1 # opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity test B 0 1 C 34.43129200 -16.17151100 0.41808200 C 34.48192600 -17.50180900 0.37144200 C 35.77667300 -18.17617700 0.21409700 C 36.89139000 -17.45426400 0.11827600 C 36.82613000 -16.02743000 0.16846000 C 35.66578500 -15.40287000 0.31143500 O 38.09310400 -18.06245500 -0.02757500 C 39.28845100 -17.36463200 -0.14875200 C 39.30597400 -16.01887800 -0.09956200 C 38.04118500 -15.28208900 0.06255600 C 40.57316800 -18.18671900 -0.31326000 C 41.81468200 -17.32125700 -0.36197900 C 41.73141200 -15.88023700 -0.31395000 C 40.56581200 -15.26180600 -0.19532400 O 42.92521100 -17.83956500 -0.52011400 O 40.57055500 -18.99454100 -1.56361200 C 40.64817800 -19.17417500 0.90360900 F 42.85444900 -15.15466600 -0.39493700 F 40.55506700 -13.92226700 -0.15595800 N 38.01633600 -14.00735300 0.10726800 C 35.65199100 -13.95766300 0.35937800 C 36.80447800 -13.29879900 0.25919200 C 39.46159400 -19.91799900 -1.79061300 C 41.85218000 -20.07713300 0.84949600 C 42.07742600 -20.93500300 1.83971000 H 33.50149300 -15.67485500 0.53163300 H 33.59073600 -18.07134300 0.44778800 H 35.82475200 -19.23469600 0.17644600 H 40.67856000 -18.60833100 1.84455500 H 39.75367100 -19.80916000 0.94413100 H 34.73825300 -13.43204600 0.47319700 H 36.81226900 -12.23910100 0.29291100 H 39.61371600 -20.42581500 -2.75270400 H 38.51449300 -19.36513200 -1.82565300 H 39.41589600 -20.67228300 -0.99481000 H 42.51487600 -20.03609300 0.02345600 H 41.41052700 -20.97906900 2.66337100 H 42.92267500 -21.57515100 1.80522100 1 2 2.0 6 1.0 26 1.0 2 3 1.0 27 1.0 3 4 2.0 28 1.0 4 5 1.0 7 1.0 5 6 2.0 10 1.0 6 21 1.0 7 8 1.0 8 9 2.0 11 1.0 9 10 1.0 14 1.0 10 20 2.0 11 12 1.0 16 1.0 17 1.0 12 13 1.0 15 2.0 13 14 2.0 18 1.0 14 19 1.0 15 16 23 1.0 17 24 1.0 29 1.0 30 1.0 18 19 20 22 1.0 21 22 2.0 31 1.0 22 32 1.0 23 33 1.0 34 1.0 35 1.0 24 25 2.0 36 1.0 25 37 1.0 38 1.0 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 [ Last edited by chemozhang on 2011-4-9 at 13:20 ] |
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3楼2011-04-09 20:06:37
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chemozhang(金币+2): 多谢！还请较如何画过渡态的结构呢？ 2011-04-09 16:33:58
小红豆(金币+3): 感谢交流 常来 2011-04-11 09:50:58
chemozhang(金币+2): 多谢！还请较如何画过渡态的结构呢？ 2011-04-09 16:33:58
小红豆(金币+3): 感谢交流 常来 2011-04-11 09:50:58
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我们版的置顶帖儿GaussianFAQ会对你有帮助的。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146 你在这里可以看到（1）怎么固定某部分原子 也可以看到（2）什么是过渡态，什么是中间态 但是我不建议你固定原子，与其那样还不如直接模型化，把分子结构调小呢。 |
2楼2011-04-09 16:14:44