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小胖芙芙

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助!!短片段(169 bp)PCR扩增,用Takara La Taq酶,不出条带呀。。。。 已有5人参与

小白第一次发帖,各位大神见谅。。。。
以前用普通的2×Taq PCR Mix扩增,它含的酶是Taq DNA Polymerase,扩增条带是169 bp,当时可以出条带,亮度可以。也送测了的,返回结果有的位点是双峰。
因为提的DNA是混合物,现在想做克隆看看混合物的成分,就换成了Takara的La taq,但是不出条带了呀。。。引物没变,PCR条件也没变。。。。
我的条件是这样的:
(1)94℃ 5min
(2)94℃ 30s
(3)51 ℃ 30s
(4)72℃ 45s
(5)(2)-(4)39
(6)72℃ 10min
(7)4℃ forever
求各位大神帮帮忙,看看有没有啥问题啊。。。。
有啥没说到的,各位大神尽管问。。。。。
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dragonhmw

铁杆木虫 (正式写手)

不应该啊,溶液体系是什么?

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2楼2016-03-06 07:24:03
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fudan671

木虫 (著名写手)

重新摸索条件,怀疑da降解

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-03-06 07:43:36
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yilberg

新虫 (小有名气)

4楼2016-03-06 08:38:41
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jackyoung

新虫 (正式写手)

重新摸索条件是正道,这么点儿的片段用LA Taq有点儿浪费了。Anyway,最忌讳这种一个条件P到底的情况。

发自小木虫Android客户端
CestLaVie
5楼2016-03-06 08:45:55
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
片段那么短,就用那个mix也行,保真性一般也行了,多送一两个测序就好了。La Taq不是用于长片段的吗(我忘了)。还有你的延伸时间可以缩短,有20s足够了,补充延伸也要缩短,40个循环是不是太多了。

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6楼2016-03-06 08:46:12
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张凡云

至尊木虫 (职业作家)

第一点,双峰的结果是不是你想要的结果?不是的话,麻烦你的引物重新设计,不够特异性,第二点,你可以用高保真酶就可以啊,La酶是长片段扩增用的吧?

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2016-03-06 09:07:56
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不到200的片段用普通酶应该可以拿到正确的序列的,突变率还是比较低的,对于你测序是双峰,不知道你送测的样品是什么?测序结果一点正确的都没有?如果是PCR产物,建议将pcr产物进行胶回收或者过柱纯化后测序,另一个办法即将pcr产物连接到T载体测序。另外实验中不同的酶更换后,条件还是要重新摸索的,特别退火温度,因为经常会出现普通酶可以而高保真的酶不行。我不太清楚第二种酶的延伸速度,不到200的片段应该不用那么长延伸时间吧,循环数也适当减少些,祝好!

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天空才是极限,我有信心飞的更高!
8楼2016-03-06 09:12:52
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小胖芙芙

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dragonhmw at 2016-03-06 07:24:03
不应该啊,溶液体系是什么?

溶液体系是:
LA Taq 0.25微升
pcr buffer 2.5微升
dNTP Mix 2微升
primers    1/1微升
ddH2O     17.25微升
DNA  1微升


对了,LA taq是125U的

发自小木虫Android客户端
9楼2016-03-06 10:06:20
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小胖芙芙

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2016-03-06 08:46:12
片段那么短,就用那个mix也行,保真性一般也行了,多送一两个测序就好了。La Taq不是用于长片段的吗(我忘了)。还有你的延伸时间可以缩短,有20s足够了,补充延伸也要缩短,40个循环是不是太多了。

开始想的是用LA就可以不用单独加A尾了,它确实是扩长的,以前用它扩过500bp的片段是没有问题的。循环数我也试着降一下吧,谢谢。。

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10楼2016-03-06 10:16:41
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