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一张七块的

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助,只有CDS序列,如何设计引物扩增全长基因? 已有4人参与

用来构建载体的,导师只给了CDS的序列,放在DNAman里设计出的引物扩增出的都不是全长可咋整?
不是全长没法用吧。。。
直接用这个基因两端的序列设计引物行吗?
必须要知道基因两端外的序列吗?
怎么才能弄到两端的序列?
新人求罩。。。
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jackyoung

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 一张七块的 at 2016-02-21 12:40:30
直接用CDS两端的序列设计引物吗?我用软件试了一下,会有引物二聚体和发卡结构怎么办?
...

还有 引物设计软件是软件,实际括增去用才是王道。你想想看那么大的基因组,转录出来乱七八糟也不少,错配什么的都再正常不过了。我们的经验是用最特异的引物搞出来,弄到T-载体上随便玩。

发自小木虫Android客户端
CestLaVie
8楼2016-02-21 12:48:54
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查看全部 17 个回答

生化与分子

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:30:19
可以在NCBI中序列比对找出基因,然后根据基因号找基因全长,或者前面从ATG开始取21个左右的碱基加上酶切位点,后面TAA向前取21个左右的碱基反向互补作为下游引物加上酶切位点,以gDNA为模板去扩增,就可以扩增出基因全长。
2楼2016-02-20 20:12:45
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williamwjj

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
1楼: Originally posted by 一张七块的 at 2016-02-20 16:38:15
用来构建载体的,导师只给了CDS的序列,放在DNAman里设计出的引物扩增出的都不是全长可咋整?
不是全长没法用吧。。。
直接用这个基因两端的序列设计引物行吗?
必须要知道基因两端外的序列吗?
怎么才能弄到两 ...

你的意思是要获得mrna全长吗?要做Race PCR,分别得到5'utr和3'utr

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-02-20 21:22:26
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一张七块的

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 生化与分子 at 2016-02-20 20:12:45
可以在NCBI中序列比对找出基因,然后根据基因号找基因全长,或者前面从ATG开始取21个左右的碱基加上酶切位点,后面TAA向前取21个左右的碱基反向互补作为下游引物加上酶切位点,以gDNA为模板去扩增,就可以扩增出基因 ...

这样取出来的引物好用吗?不会出现比如引物二聚体,退火温度不一致等等的问题吗?
4楼2016-02-20 21:41:53
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