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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助，只有CDS序列，如何设计引物扩增全长基因？
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一张七块的

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助，只有CDS序列，如何设计引物扩增全长基因？已有4人参与

用来构建载体的，导师只给了CDS的序列，放在DNAman里设计出的引物扩增出的都不是全长可咋整？
不是全长没法用吧。。。
直接用这个基因两端的序列设计引物行吗？
必须要知道基因两端外的序列吗？
怎么才能弄到两端的序列？
新人求罩。。。
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1楼2016-02-20 16:38:15
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一张七块的

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jackyoung at 2016-02-21 00:06:05
CDS是编码序列，如果确定给的是全长编码序列，括增出来构建载体（如果是为了表达蛋白的话）是没有问题的。
如果不是说一定要带编码区以外的序列（比如研究内含子保留或UTR的调控功能），没有必要得到全长mRNA/cDNA序 ...

直接用CDS两端的序列设计引物吗?我用软件试了一下，会有引物二聚体和发卡结构怎么办?

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6楼2016-02-21 12:40:30
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生化与分子

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:30:19
可以在NCBI中序列比对找出基因，然后根据基因号找基因全长，或者前面从ATG开始取21个左右的碱基加上酶切位点，后面TAA向前取21个左右的碱基反向互补作为下游引物加上酶切位点，以gDNA为模板去扩增，就可以扩增出基因全长。
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2楼2016-02-20 20:12:45
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williamwjj

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
1楼: Originally posted by 一张七块的 at 2016-02-20 16:38:15
用来构建载体的，导师只给了CDS的序列，放在DNAman里设计出的引物扩增出的都不是全长可咋整？
不是全长没法用吧。。。
直接用这个基因两端的序列设计引物行吗？
必须要知道基因两端外的序列吗？
怎么才能弄到两 ...

你的意思是要获得mrna全长吗？要做Race PCR，分别得到5'utr和3'utr

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-02-20 21:22:26
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一张七块的

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 生化与分子 at 2016-02-20 20:12:45
可以在NCBI中序列比对找出基因，然后根据基因号找基因全长，或者前面从ATG开始取21个左右的碱基加上酶切位点，后面TAA向前取21个左右的碱基反向互补作为下游引物加上酶切位点，以gDNA为模板去扩增，就可以扩增出基因 ...

这样取出来的引物好用吗？不会出现比如引物二聚体，退火温度不一致等等的问题吗？
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4楼2016-02-20 21:41:53
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