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求助，只有CDS序列，如何设计引物扩增全长基因？已有4人参与
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用来构建载体的，导师只给了CDS的序列，放在DNAman里设计出的引物扩增出的都不是全长可咋整？ 不是全长没法用吧。。。 直接用这个基因两端的序列设计引物行吗？ 必须要知道基因两端外的序列吗？ 怎么才能弄到两端的序列？ 新人求罩。。。 |
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西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:30:38
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2016-02-21 22:30:38
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CDS是编码序列，如果确定给的是全长编码序列，括增出来构建载体（如果是为了表达蛋白的话）是没有问题的。 如果不是说一定要带编码区以外的序列（比如研究内含子保留或UTR的调控功能），没有必要得到全长mRNA/cDNA序列。 如果一定要得到，建议先查询数据库找信息，实在不行再RACE。其实直接从文库中筛选也是个不错的方法。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2016-02-21 00:06:05
jackyoung
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【答案】应助回帖
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这种方法挺呵呵的，以前也这么搞，那个杂带啊… 你就不能查查信息从UTR区域设计引物从cDNA里搞出来么？搞到T-载体上随便招呼。虽然看着麻烦，但是我们组都这么干，感觉最靠谱。 发自小木虫Android客户端 |
7楼2016-02-21 12:44:50
jackyoung
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还有 引物设计软件是软件，实际括增去用才是王道。你想想看那么大的基因组，转录出来乱七八糟也不少，错配什么的都再正常不过了。我们的经验是用最特异的引物搞出来，弄到T-载体上随便玩。 发自小木虫Android客户端 |
8楼2016-02-21 12:48:54
jackyoung
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我年轻的时候也总是觉得可以一步到位，不懂的到处问，嫌麻烦的就按最理想的情况搞，然而现实跟理想和瞎想不一样，这本身也是个实验科学。年轻人不要怕失败，用心自己去做一回就明白了。你可以设计几套不同的方案同时搞，看看效果做做比较，也算是交个学费吧。 简单的东西或者是运气好怎么搞都能成，真正有难度的全招呼上了可能还要反复几遍。这种事儿就是你步入科研大门的辛酸，有的人不屑的一个基因克隆，你却实实在在搞了一月有余… 发自小木虫Android客户端 |
11楼2016-02-21 13:15:13
jackyoung
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12楼2016-02-21 13:18:10