24小时热门版块排行榜    

查看: 2687  |  回复: 11

jinshengfang

木虫 (正式写手)

[求助] 关于autodock大分子处理原因 已有2人参与

各位专家:刚刚接触autodock,想问一下,为什么从protein database bank中下载的蛋白pdb载入进去,要先进行除盐,除水,加电荷,加极性氢。
谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

生物催化
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议先看一下分子力学,molecular mechanic关于分子力场的知识,就知道了。

发自小木虫IOS客户端
2楼2015-12-24 18:46:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 悠然南子 at 2015-12-31 17:28:35
我也刚刚接触AUTOdock,每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷,加极性氢?你知道为什么加这些了吗?我小白菜鸟一个,向您请教

加电荷加氢网上有帖子,我上班把链接发给你,至于原因我也不知道,我也是刚刚接触,共同学习吧

发自小木虫Android客户端
生物催化
5楼2016-01-01 21:26:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-12-24 18:46:39
建议先看一下分子力学,molecular mechanic关于分子力场的知识,就知道了。

多谢,只有英文书推荐吗?可有中文翻译的书,我现在零基础

发自小木虫Android客户端
生物催化
3楼2015-12-25 20:43:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

悠然南子

铁虫 (初入文坛)

我也刚刚接触AUTOdock,每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷,加极性氢?你知道为什么加这些了吗?我小白菜鸟一个,向您请教
4楼2015-12-31 17:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

悠然南子

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-01 21:26:23
加电荷加氢网上有帖子,我上班把链接发给你,至于原因我也不知道,我也是刚刚接触,共同学习吧
...

好的,好的,谢谢你。
链接发在哪里了?
6楼2016-01-04 17:35:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 悠然南子 at 2016-01-04 17:35:06
好的,好的,谢谢你。
链接发在哪里了?
...

http://www.doc88.com/p-146611219914.html
文档第13页
生物催化
7楼2016-01-05 11:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongyifan

金虫 (正式写手)

我也刚用AutoDuck不到一个月,对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多,处理完再导入autoduck

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2016-01-05 17:09:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhongyifan at 2016-01-05 17:09:41
我也刚用AutoDuck不到一个月,对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多,处理完再导入autoduck

对了,我想问一下你用autodock有装cygwin吗?我电脑是win7,64位的,尝试装cygwin,装了好久都装不完,装的时候连word都开不了
生物催化
9楼2016-01-06 08:39:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-06 08:39:14
对了,我想问一下你用autodock有装cygwin吗?我电脑是win7,64位的,尝试装cygwin,装了好久都装不完,装的时候连word都开不了...

现在的AUTODOCK不需要安装cywin了,直接安装MGTOOLS 1.5.6 就可以
10楼2016-01-09 09:14:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jinshengfang 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金不中,共勉 +8 eulota 2026-08-26 8/400 2026-08-27 12:34 by lice_1987
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +4 zhaosm1982 2026-08-27 5/250 2026-08-27 12:17 by zhaosm1982
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
请填处理意见