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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于autodock大分子处理原因
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jinshengfang

木虫 (正式写手)

[求助] 关于autodock大分子处理原因 已有2人参与

各位专家：刚刚接触autodock，想问一下，为什么从protein database bank中下载的蛋白pdb载入进去，要先进行除盐，除水，加电荷，加极性氢。
谢谢
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生物催化
1楼 2015-12-24 15:14:28
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议先看一下分子力学，molecular mechanic关于分子力场的知识，就知道了。

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2楼2015-12-24 18:46:39
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jinshengfang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 悠然南子 at 2015-12-31 17:28:35
我也刚刚接触AUTOdock，每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷，加极性氢？你知道为什么加这些了吗？我小白菜鸟一个，向您请教

加电荷加氢网上有帖子，我上班把链接发给你，至于原因我也不知道，我也是刚刚接触，共同学习吧

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生物催化
5楼2016-01-01 21:26:23
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普通回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-12-24 18:46:39
建议先看一下分子力学，molecular mechanic关于分子力场的知识，就知道了。

多谢，只有英文书推荐吗？可有中文翻译的书，我现在零基础

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生物催化
3楼2015-12-25 20:43:45
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)
我也刚刚接触AUTOdock，每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷，加极性氢？你知道为什么加这些了吗？我小白菜鸟一个，向您请教
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4楼2015-12-31 17:28:35
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-01 21:26:23
加电荷加氢网上有帖子，我上班把链接发给你，至于原因我也不知道，我也是刚刚接触，共同学习吧
...

好的，好的，谢谢你。
链接发在哪里了？
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6楼2016-01-04 17:35:06
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jinshengfang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 悠然南子 at 2016-01-04 17:35:06
好的，好的，谢谢你。
链接发在哪里了？
...

http://www.doc88.com/p-146611219914.html
文档第13页
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生物催化
7楼2016-01-05 11:32:06
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zhongyifan

金虫 (正式写手)
我也刚用AutoDuck不到一个月，对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多，处理完再导入autoduck
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jinshengfang
8楼2016-01-05 17:09:41
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jinshengfang

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhongyifan at 2016-01-05 17:09:41
我也刚用AutoDuck不到一个月，对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多，处理完再导入autoduck

对了，我想问一下你用autodock有装cygwin吗？我电脑是win7，64位的，尝试装cygwin，装了好久都装不完，装的时候连word都开不了
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生物催化
9楼2016-01-06 08:39:14
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-06 08:39:14
对了，我想问一下你用autodock有装cygwin吗？我电脑是win7，64位的，尝试装cygwin，装了好久都装不完，装的时候连word都开不了...

现在的AUTODOCK不需要安装cywin了，直接安装MGTOOLS 1.5.6 就可以
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10楼2016-01-09 09:14:59
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