应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于autodock大分子处理原因
121/2返回列表12下一页
查看: 2746  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

jinshengfang

木虫 (正式写手)

[求助] 关于autodock大分子处理原因 已有2人参与

各位专家：刚刚接触autodock，想问一下，为什么从protein database bank中下载的蛋白pdb载入进去，要先进行除盐，除水，加电荷，加极性氢。
谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
生物催化
1楼 2015-12-24 15:14:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议先看一下分子力学，molecular mechanic关于分子力场的知识，就知道了。

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-12-24 18:46:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 悠然南子 at 2015-12-31 17:28:35
我也刚刚接触AUTOdock，每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷，加极性氢？你知道为什么加这些了吗？我小白菜鸟一个，向您请教

加电荷加氢网上有帖子，我上班把链接发给你，至于原因我也不知道，我也是刚刚接触，共同学习吧

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
生物催化
5楼2016-01-01 21:26:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-12-24 18:46:39
建议先看一下分子力学，molecular mechanic关于分子力场的知识，就知道了。

多谢，只有英文书推荐吗？可有中文翻译的书，我现在零基础

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
生物催化
3楼2015-12-25 20:43:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

悠然南子

铁虫 (初入文坛)
我也刚刚接触AUTOdock，每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷，加极性氢？你知道为什么加这些了吗？我小白菜鸟一个，向您请教
赞一下 回复此楼
4楼2015-12-31 17:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

悠然南子

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-01 21:26:23
加电荷加氢网上有帖子，我上班把链接发给你，至于原因我也不知道，我也是刚刚接触，共同学习吧
...

好的，好的，谢谢你。
链接发在哪里了？
赞一下 回复此楼
6楼2016-01-04 17:35:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 悠然南子 at 2016-01-04 17:35:06
好的，好的，谢谢你。
链接发在哪里了？
...

http://www.doc88.com/p-146611219914.html
文档第13页
赞一下 回复此楼
生物催化
7楼2016-01-05 11:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongyifan

金虫 (正式写手)
我也刚用AutoDuck不到一个月，对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多，处理完再导入autoduck
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jinshengfang
8楼2016-01-05 17:09:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhongyifan at 2016-01-05 17:09:41
我也刚用AutoDuck不到一个月，对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多，处理完再导入autoduck

对了，我想问一下你用autodock有装cygwin吗？我电脑是win7，64位的，尝试装cygwin，装了好久都装不完，装的时候连word都开不了
赞一下 回复此楼
生物催化
9楼2016-01-06 08:39:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-06 08:39:14
对了，我想问一下你用autodock有装cygwin吗？我电脑是win7，64位的，尝试装cygwin，装了好久都装不完，装的时候连word都开不了...

现在的AUTODOCK不需要安装cywin了，直接安装MGTOOLS 1.5.6 就可以
赞一下 回复此楼
10楼2016-01-09 09:14:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 jinshengfang 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-16 22:26 by Tql5LQhh5rLK
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-16 21:14 by MHf40yA0Uhyb
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-16 20:50 by MHf40yA0Uhyb
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-16 19:27 by rRvxEj3zorCy
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-16 18:36 by rRvxEj3zorCy
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:15 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-16 16:51 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 15:48 by i3KBRD19ERkG
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 14:39 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-16 06:51 by LH5NkK5Ud4bh
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 05:27 by LH5NkK5Ud4bh
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-16 04:27 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 03:50 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-16 02:35 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:14 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 申博发邮件 +4 Lmengk 2026-09-15 4/200 2026-09-16 00:05 by 木心想继续深造
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:35 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:23 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:49 by VMDqgnlKimtZ
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭