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jinshengfang

木虫 (正式写手)

[求助] 关于autodock大分子处理原因 已有2人参与

各位专家:刚刚接触autodock,想问一下,为什么从protein database bank中下载的蛋白pdb载入进去,要先进行除盐,除水,加电荷,加极性氢。
谢谢
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生物催化
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wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议先看一下分子力学,molecular mechanic关于分子力场的知识,就知道了。

发自小木虫IOS客户端
2楼2015-12-24 18:46:39
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jinshengfang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 悠然南子 at 2015-12-31 17:28:35
我也刚刚接触AUTOdock,每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷,加极性氢?你知道为什么加这些了吗?我小白菜鸟一个,向您请教

加电荷加氢网上有帖子,我上班把链接发给你,至于原因我也不知道,我也是刚刚接触,共同学习吧

发自小木虫Android客户端
生物催化
5楼2016-01-01 21:26:23
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普通回帖

jinshengfang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-12-24 18:46:39
建议先看一下分子力学,molecular mechanic关于分子力场的知识,就知道了。

多谢,只有英文书推荐吗?可有中文翻译的书,我现在零基础

发自小木虫Android客户端
生物催化
3楼2015-12-25 20:43:45
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)

我也刚刚接触AUTOdock,每次对接只是除掉配体和水分子等。请问怎么加电荷,加极性氢?你知道为什么加这些了吗?我小白菜鸟一个,向您请教
4楼2015-12-31 17:28:35
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-01 21:26:23
加电荷加氢网上有帖子,我上班把链接发给你,至于原因我也不知道,我也是刚刚接触,共同学习吧
...

好的,好的,谢谢你。
链接发在哪里了?
6楼2016-01-04 17:35:06
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jinshengfang

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 悠然南子 at 2016-01-04 17:35:06
好的,好的,谢谢你。
链接发在哪里了?
...

http://www.doc88.com/p-146611219914.html
文档第13页
生物催化
7楼2016-01-05 11:32:06
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zhongyifan

金虫 (正式写手)

我也刚用AutoDuck不到一个月,对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多,处理完再导入autoduck

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2016-01-05 17:09:41
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jinshengfang

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhongyifan at 2016-01-05 17:09:41
我也刚用AutoDuck不到一个月,对蛋白的处理用DS 2.5会方便很多,处理完再导入autoduck

对了,我想问一下你用autodock有装cygwin吗?我电脑是win7,64位的,尝试装cygwin,装了好久都装不完,装的时候连word都开不了
生物催化
9楼2016-01-06 08:39:14
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by jinshengfang at 2016-01-06 08:39:14
对了,我想问一下你用autodock有装cygwin吗?我电脑是win7,64位的,尝试装cygwin,装了好久都装不完,装的时候连word都开不了...

现在的AUTODOCK不需要安装cywin了,直接安装MGTOOLS 1.5.6 就可以
10楼2016-01-09 09:14:59
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