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小周zj123

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子晶体结构优化 已有1人参与

各位大神,小弟想请教一下如何能够将构建的有机分子直接拉进一个晶格内,请大神们指点。多谢了。
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-24 06:57:51
你好,怎么建一个空盒子呢,我再建碳纳米管的时候没有出现盒子,不知道怎么给它田间一个盒子?谢谢...

build.......crystals......build crystals......选默认1p1 ...build.....即为一个没有任何对称性的盒子。 然后把你的碳纳米管放进去,调整相对大小和位置。

发自小木虫Android客户端
难的不是事情本身,而是开始行动的勇气!
5楼2015-11-24 15:03:44
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没太看懂你的问题,是想计算分子的大小,还是要计算有机分子与金属之间的相互作用。如果是计算分子大小,就先构建一个盒子,然后把有机物分子复制过去。操作上一般是选中有机物分子,然后按住ctrl和shift,鼠标右键移动;按住shift,鼠标右键旋转分子。相互作用的话就几何优化然后计算能量的变化。
难的不是事情本身,而是开始行动的勇气!
2楼2015-11-23 23:02:01
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-24 16:02:13
不好意思,还是失败了,一复制完就是这么个情况,而且想删除三个留一个移动到盒子里,结果选中一个删除就都没了,请问是怎么回事啊?非常感谢!

$~YBA_SRLK71S4QDJWB4SN6.png
...

是想要这样的图吗
MS分子晶体结构优化
001.png


MS分子晶体结构优化-1
002.png

难的不是事情本身,而是开始行动的勇气!
16楼2015-11-24 20:56:58
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

我上面写的很清楚了,只能帮楼主到这了……

发自小木虫Android客户端
难的不是事情本身,而是开始行动的勇气!
18楼2015-11-24 21:40:54
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

请认真看我的留言,1.取消对称性2.选四个碳环中的一个,复制,粘贴。 严格按我写的做。

发自小木虫Android客户端
难的不是事情本身,而是开始行动的勇气!
21楼2015-11-24 22:07:14
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普通回帖

橙子学术

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-23 23:02:01
没太看懂你的问题,是想计算分子的大小,还是要计算有机分子与金属之间的相互作用。如果是计算分子大小,就先构建一个盒子,然后把有机物分子复制过去。操作上一般是选中有机物分子,然后按住ctrl和shift,鼠标右键 ...

你好,怎么建一个空盒子呢,我再建碳纳米管的时候没有出现盒子,不知道怎么给它田间一个盒子?谢谢
3楼2015-11-24 10:57:51
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橙子学术

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-23 23:02:01
没太看懂你的问题,是想计算分子的大小,还是要计算有机分子与金属之间的相互作用。如果是计算分子大小,就先构建一个盒子,然后把有机物分子复制过去。操作上一般是选中有机物分子,然后按住ctrl和shift,鼠标右键 ...

你好,怎么建一个空盒子呢,我在建碳纳米管的时候没有出现盒子,不知道怎么给它添加一个盒子?谢谢
4楼2015-11-24 10:58:54
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-24 15:03:44
build.......crystals......build crystals......选默认1p1 ...build.....即为一个没有任何对称性的盒子。 然后把你的碳纳米管放进去,调整相对大小和位置。
...

楼上回复的对
每个人只能陪你走一段路程
6楼2015-11-24 15:20:12
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橙子学术

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-24 15:03:44
build.......crystals......build crystals......选默认1p1 ...build.....即为一个没有任何对称性的盒子。 然后把你的碳纳米管放进去,调整相对大小和位置。
...

非常感谢,可是我建好了盒子,也建了一个长碳纳米管,将管子复制黏贴过去时出了这个错误是怎么回事啊?
MS分子晶体结构优化-2
EO0]7XL63G3$H5%EXQGJJC0.png


MS分子晶体结构优化-3
J{VU08Z36P1(CM]Q]@9(W90.png

7楼2015-11-24 16:28:18
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橙子学术

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-24 15:20:12
楼上回复的对...

谢谢
8楼2015-11-24 16:31:21
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-24 12:28:18
非常感谢,可是我建好了盒子,也建了一个长碳纳米管,将管子复制黏贴过去时出了这个错误是怎么回事啊?

EO0]7XL63G3$H5%EXQGJJC0.png

J{VU08Z36P1(CM]Q]@9(W90.png
...

你的SWNT是周期性结构的,不能直接复制,需要去掉周期性,操作为: 激活SWNT文件,点击build-symmetry-nonperiodic struture. 然后复制,粘贴过去就行了。
难的不是事情本身,而是开始行动的勇气!
9楼2015-11-24 16:42:45
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-24 11:20:12
楼上回复的对...

同道中人啊
难的不是事情本身,而是开始行动的勇气!
10楼2015-11-24 16:43:46
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