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汕头大学海洋科学接受调剂
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小周zj123

新虫 (初入文坛)

[求助] MS分子晶体结构优化 已有1人参与

各位大神，小弟想请教一下如何能够将构建的有机分子直接拉进一个晶格内，请大神们指点。多谢了。
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1楼 2015-11-23 22:40:18
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hnurenkui

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-24 06:57:51
你好，怎么建一个空盒子呢，我再建碳纳米管的时候没有出现盒子，不知道怎么给它田间一个盒子？谢谢...

build.......crystals......build crystals......选默认1p1 ...build.....即为一个没有任何对称性的盒子。 然后把你的碳纳米管放进去，调整相对大小和位置。

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难的不是事情本身，而是开始行动的勇气！
5楼2015-11-24 15:03:44
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没太看懂你的问题，是想计算分子的大小，还是要计算有机分子与金属之间的相互作用。如果是计算分子大小，就先构建一个盒子，然后把有机物分子复制过去。操作上一般是选中有机物分子，然后按住ctrl和shift，鼠标右键移动；按住shift，鼠标右键旋转分子。相互作用的话就几何优化然后计算能量的变化。
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难的不是事情本身，而是开始行动的勇气！
2楼2015-11-23 23:02:01
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-24 16:02:13
不好意思，还是失败了，一复制完就是这么个情况，而且想删除三个留一个移动到盒子里，结果选中一个删除就都没了，请问是怎么回事啊？非常感谢！

$~YBA_SRLK71S4QDJWB4SN6.png
...

是想要这样的图吗
MS分子晶体结构优化
001.png


MS分子晶体结构优化-1
002.png
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16楼2015-11-24 20:56:58
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hnurenkui

木虫 (正式写手)
我上面写的很清楚了，只能帮楼主到这了……

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难的不是事情本身，而是开始行动的勇气！
18楼2015-11-24 21:40:54
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hnurenkui

木虫 (正式写手)
请认真看我的留言，1.取消对称性2.选四个碳环中的一个，复制，粘贴。 严格按我写的做。

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难的不是事情本身，而是开始行动的勇气！
21楼2015-11-24 22:07:14
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普通回帖

橙子学术

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-23 23:02:01
没太看懂你的问题，是想计算分子的大小，还是要计算有机分子与金属之间的相互作用。如果是计算分子大小，就先构建一个盒子，然后把有机物分子复制过去。操作上一般是选中有机物分子，然后按住ctrl和shift，鼠标右键 ...

你好，怎么建一个空盒子呢，我再建碳纳米管的时候没有出现盒子，不知道怎么给它田间一个盒子？谢谢
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3楼2015-11-24 10:57:51
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橙子学术

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-23 23:02:01
没太看懂你的问题，是想计算分子的大小，还是要计算有机分子与金属之间的相互作用。如果是计算分子大小，就先构建一个盒子，然后把有机物分子复制过去。操作上一般是选中有机物分子，然后按住ctrl和shift，鼠标右键 ...

你好，怎么建一个空盒子呢，我在建碳纳米管的时候没有出现盒子，不知道怎么给它添加一个盒子？谢谢
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4楼2015-11-24 10:58:54
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jiezhou5322

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-24 15:03:44
build.......crystals......build crystals......选默认1p1 ...build.....即为一个没有任何对称性的盒子。 然后把你的碳纳米管放进去，调整相对大小和位置。
...

楼上回复的对
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每个人只能陪你走一段路程
6楼2015-11-24 15:20:12
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橙子学术

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-24 15:03:44
build.......crystals......build crystals......选默认1p1 ...build.....即为一个没有任何对称性的盒子。 然后把你的碳纳米管放进去，调整相对大小和位置。
...

非常感谢，可是我建好了盒子，也建了一个长碳纳米管，将管子复制黏贴过去时出了这个错误是怎么回事啊？
MS分子晶体结构优化-2
EO0]7XL63G3$H5%EXQGJJC0.png


MS分子晶体结构优化-3
J{VU08Z36P1(CM]Q]@9(W90.png
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7楼2015-11-24 16:28:18
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橙子学术

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-24 15:20:12
楼上回复的对...

谢谢
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8楼2015-11-24 16:31:21
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hnurenkui

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 橙子学术 at 2015-11-24 12:28:18
非常感谢，可是我建好了盒子，也建了一个长碳纳米管，将管子复制黏贴过去时出了这个错误是怎么回事啊？

EO0]7XL63G3$H5%EXQGJJC0.png

J{VU08Z36P1(CM]Q]@9(W90.png
...

你的SWNT是周期性结构的，不能直接复制，需要去掉周期性，操作为： 激活SWNT文件，点击build-symmetry-nonperiodic struture. 然后复制，粘贴过去就行了。
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难的不是事情本身，而是开始行动的勇气！
9楼2015-11-24 16:42:45
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hnurenkui

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-24 11:20:12
楼上回复的对...

同道中人啊
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难的不是事情本身，而是开始行动的勇气！
10楼2015-11-24 16:43:46
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