应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请教MS分子力学模拟
31/1返回列表
查看: 1138  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liuxianlv

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教MS分子力学模拟 已有2人参与

本人初学MS，本实验室我是第一个搞这个的，纯粹是摸索前进，对文献上的很多不懂特请教各位大哥大姐，谢谢各位。
   .（文献来源《1-(2-羟乙基)-2-烷基-咪唑啉缓蚀剂缓蚀机理的理论研究》化 学 学 报2008 年第66 卷，张 军）
    分子力学
   吸附表面选取Fe 晶体(001)晶面. 假定缓蚀剂分子在金属表面已达饱和吸附, 由于空间位阻效应的存在,每个缓蚀剂分子所占面积约为0.64 nm2[2]. 建模过程中首先构造一个尺寸为0.80 nm×0.80 nm×6.43 nm 的表面体系, 在此表面上垂直放置一个缓蚀剂分子(头部靠近表面, 尾部背离表面); 以此原胞为基础, 构造一个4×4 的超晶胞, 表面体系大小为3.20 nm×3.20 nm×6.43 nm, 表面上共放置16 个缓蚀剂分子. 模拟过程中选择Materials Studio4.0 软件包中COMPASS力场, 运用Smart Minimizer 方法对体系进行优化, 收敛精度取medium, 迭代步数为20000 步. 缓蚀剂自组装单层膜的稳定性通过膜的内聚能来分析. 内聚能越大,
   模拟过程是不是第一步先用Discover的Setup的 COMPASS力场其它设置（）不管直接点calculation.第二步以compass calculation的结构打开选择Discover的minimizer再选择Smart Minimizer 如图收敛精度取medium迭代步数怎么选啊？（收敛精度取medium时Maximum iterations是5000，如果改Maximum iterations的值medium会自动变为customized，迭代步数为20000 步怎么设？）
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-06-02 22:21:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxianlv

金虫 (正式写手)
自己先顶一下呵呵
回复此楼
2楼2010-06-02 22:33:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):感谢交流 2010-06-03 12:44:08
liuxianlv(金币+5): 2010-06-29 23:05:44
liuxianlv(金币+5): 2010-07-03 17:35:17
首先建议楼主点一下那个help按钮。
MS中收敛标准和迭代次数貌似是对应的，Medium对应的迭代次数最大是5000。建议可以这样，楼主先运行5000次看看是否收敛，不收敛再运行5000次，反复运行直到收敛为止，未必需要运行20000次。是否收敛out文件中会给出信息。
另外，可能是文章中的笔误，Ultrafine对应的迭代数为20000，楼主也可以试一下

[ Last edited by 043114076 on 2010-6-3 at 09:38 ]
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-06-03 09:32:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuxianlv 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭