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liuxianlv金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】请教MS分子力学模拟 已有2人参与
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本人初学MS，本实验室我是第一个搞这个的，纯粹是摸索前进，对文献上的很多不懂特请教各位大哥大姐，谢谢各位。 .（文献来源《1-(2-羟乙基)-2-烷基-咪唑啉缓蚀剂缓蚀机理的理论研究》化 学 学 报2008 年第66 卷，张 军） 分子力学 吸附表面选取Fe 晶体(001)晶面. 假定缓蚀剂分子在金属表面已达饱和吸附, 由于空间位阻效应的存在,每个缓蚀剂分子所占面积约为0.64 nm2[2]. 建模过程中首先构造一个尺寸为0.80 nm×0.80 nm×6.43 nm 的表面体系, 在此表面上垂直放置一个缓蚀剂分子(头部靠近表面, 尾部背离表面); 以此原胞为基础, 构造一个4×4 的超晶胞, 表面体系大小为3.20 nm×3.20 nm×6.43 nm, 表面上共放置16 个缓蚀剂分子. 模拟过程中选择Materials Studio4.0 软件包中COMPASS力场, 运用Smart Minimizer 方法对体系进行优化, 收敛精度取medium, 迭代步数为20000 步. 缓蚀剂自组装单层膜的稳定性通过膜的内聚能来分析. 内聚能越大,  模拟过程是不是第一步先用Discover的Setup的 COMPASS力场  其它设置（ ）不管直接点calculation.第二步以compass calculation的结构打开选择Discover的minimizer再选择Smart Minimizer 如图收敛精度取medium迭代步数怎么选啊？（收敛精度取medium时Maximum iterations是5000，如果改Maximum iterations的值medium会自动变为customized，迭代步数为20000 步怎么设？） |
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043114076
木虫 (正式写手)
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zzy870720z(金币+2):感谢交流 2010-06-03 12:44:08
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liuxianlv(金币+5): 2010-06-29 23:05:44
liuxianlv(金币+5): 2010-07-03 17:35:17
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首先建议楼主点一下那个help按钮。 MS中收敛标准和迭代次数貌似是对应的，Medium对应的迭代次数最大是5000。建议可以这样，楼主先运行5000次看看是否收敛，不收敛再运行5000次，反复运行直到收敛为止，未必需要运行20000次。是否收敛out文件中会给出信息。 另外，可能是文章中的笔误，Ultrafine对应的迭代数为20000，楼主也可以试一下 [ Last edited by 043114076 on 2010-6-3 at 09:38 ] |
3楼2010-06-03 09:32:15
liuxianlv
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