| 查看: 1203 | 回复: 2 | |||
liuxianlv金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】请教MS分子力学模拟 已有2人参与
|
|
本人初学MS，本实验室我是第一个搞这个的，纯粹是摸索前进，对文献上的很多不懂特请教各位大哥大姐，谢谢各位。 .（文献来源《1-(2-羟乙基)-2-烷基-咪唑啉缓蚀剂缓蚀机理的理论研究》化 学 学 报2008 年第66 卷，张 军） 分子力学 吸附表面选取Fe 晶体(001)晶面. 假定缓蚀剂分子在金属表面已达饱和吸附, 由于空间位阻效应的存在,每个缓蚀剂分子所占面积约为0.64 nm2[2]. 建模过程中首先构造一个尺寸为0.80 nm×0.80 nm×6.43 nm 的表面体系, 在此表面上垂直放置一个缓蚀剂分子(头部靠近表面, 尾部背离表面); 以此原胞为基础, 构造一个4×4 的超晶胞, 表面体系大小为3.20 nm×3.20 nm×6.43 nm, 表面上共放置16 个缓蚀剂分子. 模拟过程中选择Materials Studio4.0 软件包中COMPASS力场, 运用Smart Minimizer 方法对体系进行优化, 收敛精度取medium, 迭代步数为20000 步. 缓蚀剂自组装单层膜的稳定性通过膜的内聚能来分析. 内聚能越大,  模拟过程是不是第一步先用Discover的Setup的 COMPASS力场  其它设置（ ）不管直接点calculation.第二步以compass calculation的结构打开选择Discover的minimizer再选择Smart Minimizer 如图收敛精度取medium迭代步数怎么选啊？（收敛精度取medium时Maximum iterations是5000，如果改Maximum iterations的值medium会自动变为customized，迭代步数为20000 步怎么设？） |
回复此楼» 猜你喜欢
机械工程264学硕求调剂
已经有3人回复
-
264求调剂
已经有9人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
22408 266求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有14人回复
-
273求调剂
已经有43人回复
-
307求调剂
已经有13人回复
-
327求调剂
已经有7人回复
-
338求调剂
已经有6人回复
-
326分，一志愿沪9，求生物学调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于Discover动力学计算的一个问题
已经有26人回复
- 请教各位，分子动力学模拟NVE系统，不对速度进行标度可以吗？
已经有7人回复
- 关于第一性原理和分子动力学模拟，还有ms软件
已经有9人回复
- 关于amber动力学模拟中MM/GBSA的问题
已经有7人回复
- 分子动力学模拟长程库仑势的处理问题
已经有8人回复
- 请问各位熟悉分子动力学模拟的朋友，熟悉精通MS的分子动力学模拟需要多久？
已经有17人回复
- 请教NaA分子筛骨架结构的搭建？
已经有8人回复
- 【讨论】关于汽液两相分子动力学模拟中粒子在汽液两相盒子交换的编程问题
已经有3人回复
- 【求助】我是新手，请问哪位专家有比较好的分子动力学模拟课件
已经有3人回复
- 【求助】分子动力学模拟尺度问题？
已经有11人回复
liuxianlv
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 868
- 散金: 42
- 帖子: 883
- 在线: 61.4小时
- 虫号: 839985
- 注册: 2009-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2010-06-02 22:33:24
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★
zzy870720z(金币+2):感谢交流 2010-06-03 12:44:08
liuxianlv(金币+5): 2010-06-29 23:05:44
liuxianlv(金币+5): 2010-07-03 17:35:17
zzy870720z(金币+2):感谢交流 2010-06-03 12:44:08
liuxianlv(金币+5): 2010-06-29 23:05:44
liuxianlv(金币+5): 2010-07-03 17:35:17
|
首先建议楼主点一下那个help按钮。 MS中收敛标准和迭代次数貌似是对应的，Medium对应的迭代次数最大是5000。建议可以这样，楼主先运行5000次看看是否收敛，不收敛再运行5000次，反复运行直到收敛为止，未必需要运行20000次。是否收敛out文件中会给出信息。 另外，可能是文章中的笔误，Ultrafine对应的迭代数为20000，楼主也可以试一下 [ Last edited by 043114076 on 2010-6-3 at 09:38 ] |
3楼2010-06-03 09:32:15
