应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » MS吸附能计算的问题
431/5返回列表12345下一页
查看: 9202  |  回复: 42
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fentuo1203

新虫 (初入文坛)

[交流] MS吸附能计算的问题

各位大神，本人用MS的CASTEP模块做吸附能计算，大概过程是：
1、根据FINDIT的数据构建的晶胞模型，没有做结构优化，因为优化后的参数跟实验值相差太大，所以没做优化
2、切面，选取的是（003）面，没有建立超晶胞，第一层和最低层原子是一样的。随后对该Slab进行了结构优化。计算了单点能。
3、计算了被吸附小分子的能量，直接建立分子结构优化后进行的单点能计算。
4、将优化后的小分子加到第二步优化后的Slab上，固定下面一半，上面一半弛豫。
定义吸附能=系统能量-之前单个的能量，根据这个计算得到的吸附能是正值，相当于该反应是吸热反应，这应该是不可能的。
备注：我计算的是NiCl2晶体表面的吸附。

请各位大神不吝赐教，本人感激不尽！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

掺杂计算

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-01-11 23:30:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

RicKillMercy

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
像一封公开的来往信件，看完了，真好。
赞一下(3人) 回复此楼
41楼2017-04-05 10:46:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fentuo1203

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-12 08:59:00
第一步存在问题，模拟计算一个很关键的问题就是：你如何证明，你选用的计算参数设置是合理的？如果不能解决这个问题，后续的吸附能计算结果的准确性也会受质疑。
一般说来，为了保证计算的可信，会采用做几何优化时 ...

版主您好，非常感谢您的指点，我对这些参数的设置也进行了一些尝试，但是得到的结果都有一个倾向，就是能量值上下波动，没有规律，所以也不收敛，我想知道产生这样的现象有哪些特定的原因。感谢！下面是其中一个优化的能量变化图。http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421038685_320.jpg
MS吸附能计算的问题
NiCl2 cell Energies.jpg
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2015-01-12 12:58:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

DRP7

新虫 (小有名气)
围观

[ 发自iPhone7客户端 ]
回复此楼
2楼2015-01-11 23:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fentuo1203: 金币+10 2015-01-12 10:41:18
第一步存在问题，模拟计算一个很关键的问题就是：你如何证明，你选用的计算参数设置是合理的？如果不能解决这个问题，后续的吸附能计算结果的准确性也会受质疑。
一般说来，为了保证计算的可信，会采用做几何优化时的参数设置来做后续的计算。所以建议，几何优化这一步时调整计算参数（实际上这一块要做的工作很多，比如交换能相关函数、赝势、E-cutoff、k-points等参数的设置，这些都是CASTEP计算的最基础步骤），使得计算值和实验值相差<2%。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
3楼2015-01-12 08:59:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by fentuo1203 at 2015-01-12 12:58:27
版主您好，非常感谢您的指点，我对这些参数的设置也进行了一些尝试，但是得到的结果都有一个倾向，就是能量值上下波动，没有规律，所以也不收敛，我想知道产生这样的现象有哪些特定的原因。感谢！下面是其中一个优 ...

先换一下交换相关能，再增大E-cutoff、k-points的精度试试。
如果有相关文献，参照文献参数设置。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
5楼2015-01-12 13:30:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jhone

银虫 (小有名气)
加油
回复此楼
越努力越幸运
6楼2015-01-12 15:30:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fentuo1203

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-12 13:30:33
先换一下交换相关能，再增大E-cutoff、k-points的精度试试。
如果有相关文献，参照文献参数设置。...

版主您好，按照您的方法增大了E-cutoff和k-points的精度，得到了一个结果如下图http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421075280_255.jpg
该计算结果收敛，但是怎么看都觉得有点不靠谱的样子。
还有一点就是，我无意间发现优化晶胞的时候没有勾选optimize cell，计算很快就收敛了，大概在三四步就收敛算完了，试了好多次。不知道这样的算法正确不正确。实在是学识尚浅，恳请版主不吝赐教，谢谢！
MS吸附能计算的问题-1
nicl2 Energies.jpg
赞一下 回复此楼
7楼2015-01-12 23:12:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by fentuo1203 at 2015-01-12 23:12:40
版主您好，按照您的方法增大了E-cutoff和k-points的精度，得到了一个结果如下图http://image.keyan.cc/data/bcs/2015/0112/bw199h2832932_1421075280_255.jpg
该计算结果收敛，但是怎么看都觉得有点不靠谱的样子。 ...

请先检查确认 你的晶体结构在MS中和实验值完全一致，主要检查空间群。
如果没问题，几何优化的时候，是要勾选cell的，就是优化晶格常数。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
8楼2015-01-13 08:32:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fentuo1203

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-13 08:32:37
请先检查确认 你的晶体结构在MS中和实验值完全一致，主要检查空间群。
如果没问题，几何优化的时候，是要勾选cell的，就是优化晶格常数。...

版主您好，还是麻烦您一下。在MS里构建的晶胞原胞参数与文献上的实验值是一致的。这两天按照您的方法，我用GGA和LDA的交换关联函数都试过了，而且E cut-off也从小到大设置了一遍，都提高到了750eV，同时对k-point各个档位也一并试过了一遍。结果如下：
1、用GGA计算，不管是提高E cut-off和k-point精度，得到的结果趋势都差不多，能量都是上下波动，不能够收敛，大致如下图：http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421258135_232.jpg
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421258154_210.jpg
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421258185_807.jpg
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421258204_653.jpg
2、用LDA计算，结果好一点结果都收敛了，测试了一下，E cut-off的值大概是400eV是比较合适的，但是不管我怎么调节k-point精度和E cut-off的值都没有办法让优化得到的晶格参数与实验值误差达到2%以内，至多a参数在3%，c参数在4.6%。是在是无法再接近了。http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421258243_597.jpg
我还把use LDA+U这个选项勾上了，因为看有人说含镍的体系属磁性体系。不过还是不能把误差拉近。
已经没有办法了，请版主再指点一下，还有没有其他可调节的。
MS吸附能计算的问题-2
nicl2 Energies.jpg


MS吸附能计算的问题-3
GGA 400ev.jpg


MS吸附能计算的问题-4
GGA 500ev k-point corse.jpg


MS吸附能计算的问题-5
GGA 500ev k-point fine.jpg


MS吸附能计算的问题-6
LDA 400ev kpoint corse.jpg
赞一下 回复此楼
9楼2015-01-15 01:57:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
路过的看了一下，帮顶~~~~~~~~~~~~~~~~~~
赞一下 回复此楼
自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
10楼2015-01-15 08:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fentuo1203 的主题更新
431/5返回列表12345下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭