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fentuo1203新虫 (初入文坛)
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MS吸附能计算的问题
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各位大神，本人用MS的CASTEP模块做吸附能计算，大概过程是： 1、根据FINDIT的数据构建的晶胞模型，没有做结构优化，因为优化后的参数跟实验值相差太大，所以没做优化 2、切面，选取的是（003）面，没有建立超晶胞，第一层和最低层原子是一样的。随后对该Slab进行了结构优化。计算了单点能。 3、计算了被吸附小分子的能量，直接建立分子结构优化后进行的单点能计算。 4、将优化后的小分子加到第二步优化后的Slab上，固定下面一半，上面一半弛豫。 定义吸附能=系统能量-之前单个的能量，根据这个计算得到的吸附能是正值，相当于该反应是吸热反应，这应该是不可能的。 备注：我计算的是NiCl2晶体表面的吸附。 请各位大神不吝赐教，本人感激不尽！ |
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 掺杂计算 |
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fentuo1203: 金币+10 2015-01-12 10:41:18
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fentuo1203: 金币+10 2015-01-12 10:41:18
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第一步存在问题，模拟计算一个很关键的问题就是：你如何证明，你选用的计算参数设置是合理的？如果不能解决这个问题，后续的吸附能计算结果的准确性也会受质疑。 一般说来，为了保证计算的可信，会采用做几何优化时的参数设置来做后续的计算。所以建议，几何优化这一步时调整计算参数（实际上这一块要做的工作很多，比如交换能相关函数、赝势、E-cutoff、k-points等参数的设置，这些都是CASTEP计算的最基础步骤），使得计算值和实验值相差<2%。 |
3楼2015-01-12 08:59:00
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5楼2015-01-12 13:30:33
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8楼2015-01-13 08:32:37
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11楼2015-01-15 08:51:44
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19楼2015-01-15 15:48:31
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你师兄给你发的NiCl2的cif文件，直接导入到MS中，出来的晶胞模型中没有共价键，但你 build--bonds--calculate 操作，应该会出现类似的键。 结构正确与否，主要看晶系、空间群、各个原子的位置坐标，在你的问题中，晶系、空间群没有问题，主要看原子坐标，你可以比较 手动添加原子得到的结构 和 直接导入的 cif 结构，我猜想，一般情况下，两者是一样的。 Discover是基于分子力学，而CASTEP是基于量子力学，两者计算方法不同，一般情况下，量子力学的精度是最高的。用Discover模块，需要删除键之后才能优化的问题，MS Discove官方教程里已经给出了明确解释，或者参见：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8391651&target=self&page=1 |
22楼2015-01-19 08:47:39
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1. “嗯，我对照了一下，两种情况的结构是一样的，原子坐标也是一样的，只不过在用Discover或者是Morphology模块的时候有区别，就是添加力场计算的时候要把键删除。” 回复：是否删除键，在Morphology模块中计算结果肯定会有差异，如果你要用Morphology模块，建议你好好看看MS中该模块的理论介绍部分。 2。“请问一下版主，我用Morphology中的Growth Morphology进行晶形预测的时候怎么算的那个附着能都是正值，然后结果提示说出现不稳定面，无法进行晶形预测，让我检查晶格能说不能是负值，然后我一看，还确实是正值，不知道是什么原因。” 回复：MS中Growth Morphology是基于形貌预测方法中非常经典的AE模型，参见： P. Hartman, P. Bennema, The attachment energy as a habit controlling factor: I. Theoretical considerations, J. Cryst. Growth. 49 (1980) 145–156. 如果提示出现不稳定面，就要考虑你的结构要做几何优化了。这个问题，在MS Morphology模块的Help文档理论部分，有过解释，并提供了解决问题的方法和建议，请参阅。 3. “还有用Equilibrium Morphology进行预测，但是结果让我比较疑惑，如下图。按道理晶面距离越大，生长速率越小，而暴露面积就越大，而结果却显示恰恰相反，不知什么原因。” 回复：“晶面距离越大，生长速率越小，而暴露面积就越大”，请注意这句话是属于经典的BFDH模型中的理论，在不考虑能量的情况下，这句话是对的，但正是因为BFDH模型没有考虑能量，其计算结果常常没有AE模型和表面自由能模型好。 再回到Equilibrium Morphology的问题，这个计算方法是基于 表面自由能模型和居里-伍尔夫原理，该计算方法适用于平衡条件下的晶体形貌计算，然而实际中，晶体的生长环境往往远未平衡，所以该模型的应用相当受限。 |
25楼2015-01-20 09:02:10
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1. 然后回到该贴的主题，还是计算NiCl2，优化完晶胞，我就切面优化表面，但是为什么优化表面的时候，表面SLAB的空间群会发生改变，比如我优化（003）面，切出来的时候是P1，优化完之后却是PM1（a=b），还有（101）面，原来是P1，优化之后都不知道是什么空间群了（a=b,alpha=beta）请问一下版主，这样正常吗。如果不正常应该怎么改正，如何设置计算参数呢。我的计算参数都是按照优化晶胞的参数设置的，唯一的就是没有勾选optimize cell。 回复：按我的理解，切出晶面，再加真空层得到的结构，与原来的晶体一般不会有相同的空间群，一般都是P1。NiCl2晶胞没问题，用MS切出来的晶面就应该没问题。 2. 切面的时候为了保证NiCl2个数是晶胞的整数倍，上下表面原子并不一致，优化时固定了下层原子。 回复：通常情况下，切出来的晶面与原晶面能保持整数的比例关系。 “上下表面原子并不一致”，这里的上下是什么意思？ |
27楼2015-01-21 10:19:42