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vlang

木虫 (正式写手)

[求助] 如何用MS计算分子晶体的晶格能

如题，现在需要用MS中的DFTB+, Dmol3等方法计算一个分子晶体的晶格能，该怎么做？求各位指导啊！小弟拜谢！！！
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1楼 2013-12-10 12:06:10
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vlang: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 谢谢！ 2013-12-11 12:24:40
晶格能计算公式参见：
Modeling the Crystal Shape of Polar Organic Materials  Prediction of Urea  crystals Grown from Polar and Nonpolar Solvents. Crystal Growth & Design, Vol. 1, No. 6, 2001

1.计算晶胞的能量(为了精确把单个晶胞扩展为超晶胞再计算)；
2.把单个分子放在真空盒子中，计算能量
3.晶格能=晶胞中单个分子的能量-真空层中分子的能量
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2013-12-10 14:10:58
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vlang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2013-12-10 14:10:58
晶格能计算公式参见：
Modeling the Crystal Shape of Polar Organic Materials  Prediction of Urea  crystals Grown from Polar and Nonpolar Solvents. Crystal Growth & Design, Vol. 1, No. 6, 2001

1 ...

谢谢版主的回答，但我是新手还是有些不明白：
1 上面说把单个晶胞扩展为超晶胞，那超晶胞大小是随意取吗？
2 上面的第二步说放入真空盒子，是用什么模块，还是自己自己直接建好空胞后将分子粘贴进去？
求赐教了，谢谢！
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3楼2013-12-10 23:09:23
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by vlang at 2013-12-10 23:09:23
谢谢版主的回答，但我是新手还是有些不明白：
1 上面说把单个晶胞扩展为超晶胞，那超晶胞大小是随意取吗？
2 上面的第二步说放入真空盒子，是用什么模块，还是自己自己直接建好空胞后将分子粘贴进去？
求赐教了 ...

1.理论上越大约好，比如6*6*6的，为了使计算的结果可靠，一般要做尺寸的收敛性验证，即取一系列大小的尺寸，算出能量，看能量在哪个尺度上收敛。
2.建一个和步骤1一样大小的真空盒子，自己画出分子，放入盒子中，算能量。具体什么模块，得看你是否有后续计算，后续计算用了什么理论，这里就用什么，比如后续计算基于量子力学的，那这里计算的时候，就用量子力学的模块，如Dmol3或者CASTEP；后续计算是基于分子力(动力)学，那这里也用相应的模块。
不知道你计算晶格能是什么，常见研究者用该能量，来验证他们在分子动力学计算中所用力场的有效性。
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4楼2013-12-11 08:37:36
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-12 13:31:35
我补充一下，MS算的晶格能是OK下的，会与实验值有误差。
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5楼2013-12-11 17:52:18
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vlang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cg陈 at 2013-12-11 17:52:18
我补充一下，MS算的晶格能是OK下的，会与实验值有误差。

谢谢了1
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6楼2013-12-12 11:12:59
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