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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中的空间群能概括所有晶体的结构吗
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杜丫丫

金虫 (正式写手)

[求助] MS中的空间群能概括所有晶体的结构吗

最近研究的晶体，在ICSD中找到的晶体结构显示的空间群在230个空间群中没有，诸如I12/A1,P1121/A,R3-CR,Ｒ３—ＣＨ，ＰＭ３－Ｍ，PNMA，PBNM等等，为什么呢？？这些是新的空间群？意义何在？？因为ICSD中能输出cif文件，可以分别将晶体结构导入到MS中，在MS中可以‘Find system’,最后发现I12/A1在ＭＳ中显示的空间群是Ｃ２／ｃ，P1121/A则是P2/M,R3-CR则是R-3M,Ｒ３—ＣＨ则是Ｒ－３ｃ，ＰＭ３－Ｍ则是PM-3M，而奇怪的是，将空间群是PNMA，PBNM的晶体导入到MS中‘Find system’时，出现错误找不出来。这些究竟是什么原因？？ICSD中找到的晶体结构显示的空间群和MS中‘Find system’找到的晶体结构显示的空间群是“一题多解”，还是“各有千秋”？？还想问一下，ICSD中已经涵盖所有ABO3这种晶体结构，有哪些其他的数据库或者网页是可以与它媲美的？？
         希望大家都不吝赐教！！！！麻烦了，谢谢！！！
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1楼2012-03-26 11:25:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

嗨，大家好

木虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-03 10:21:09
build crystal里有一个ente rgroup 输入62，下面有一个option，选择里面的origin-1 c-ba，再观察上面的群就变成Pbnm了，呵呵
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9楼2012-06-03 09:24:27
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普通回帖

杜丫丫

金虫 (正式写手)
了解空间群应该怎么做了？
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2楼2012-03-26 17:29:54
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思雨G十年

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zzy870720z: 金币+2, 鼓励交流 2012-03-27 09:43:13
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-03 10:20:43
MS确实包含所有的空间点群。但是得表述我没见过，也许是通过组合建模后形成的空间结构。具体的我也不是太懂，呵呵呵…… 你可以把要做的东西的图贴出来给大家看一下，以供判断
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要以感性的思想和认识，理性的思考和行动对待科研。
3楼2012-03-27 07:47:11
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杜丫丫

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 思雨G十年 at 2012-03-27 07:47:11:
MS确实包含所有的空间点群。但是得表述我没见过，也许是通过组合建模后形成的空间结构。具体的我也不是太懂，呵呵呵…… 你可以把要做的东西的图贴出来给大家看一下，以供判断

*data for   ICSD #99538
Coll Code   99538
Rec  Date   2005/04/01
Chem Name   Lanthanum Scandate(III)
Structured  La (Sc O3)
Sum         La1 O3 Sc1
ANX         ABX3
D(calc)     5.78
Title       A structural study of ternary lanthanide orthoscandate perovskites
Author(s)   Liferovich, R.P.;Mitchell, R.H.
Reference   Journal of Solid State Chemistry
            (2004), 177, 2188-2197
Unit Cell   5.6803(1) 5.7907(1) 8.0945(1) 90 90 90
Vol         266.25
Z           4
Space Group P b n m
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Pearson     oP20
Wyckoff     d c2 b
R Value     .0324
Red Cell    P  5.680 5.790 8.094 90 90 90 266.252
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000
Comments    The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-074-4348
            Rietveld profile refinement applied
            Structure type : GdFeO3
            X-ray diffraction (powder)
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
La   1  +3    4 c   0.0100(2)   0.9572(1)   0.250          1.         0         0.32(2)
Sc   1  +3    4 b   0.          0.5         0.             1.         0         0.70(4)
O    1  -2    4 c   0.9032(15)  0.5277(14)  0.250          1.         0         1.00(8)
O    2  -2    8 d   0.7073(11)  0.2958(11)  0.9479(9)      1.         0         1.00(8)
*end for    ICSD #99538
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4楼2012-03-27 18:06:37
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思雨G十年

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-28 10:34:24
你给的信息确认正确？Unit Cell   5.6803(1) 5.7907(1) 8.0945(1) 90 90 90
Vol         266.25
Z           4
Space Group P b n m
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Red Cell    P  5.680 5.790 8.094 90 90 90 266.252
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 1.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000
我查了一下MS确实没有PBNM这个空间点群，但是62对应的是PNMA，属正交晶系，可能是给的信息有误。你可以选择62然后按给定的晶胞参数添加原子，可以试一下。
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要以感性的思想和认识，理性的思考和行动对待科研。
5楼2012-03-28 09:50:12
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杜丫丫

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 思雨G十年 at 2012-03-28 09:50:12:
你给的信息确认正确？Unit Cell   5.6803(1) 5.7907(1) 8.0945(1) 90 90 90
Vol         266.25
Z           4
Space Group P b n m
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Red Cell    P  5.680 5.790  ...

我就是因为在ICSD中找到晶体，它们对应的空间群在230个空间群没有才发愁
     那些数据都在在ICSD中直接复制的
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6楼2012-03-29 10:49:53
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思雨G十年

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-29 22:22:28
引用回帖:
6楼: Originally posted by 杜丫丫 at 2012-03-29 10:49:53:
我就是因为在ICSD中找到晶体，它们对应的空间群在230个空间群没有才发愁
     那些数据都在在ICSD中直接复制的

你就按SG 62 来算 按晶胞参数添加原子
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要以感性的思想和认识，理性的思考和行动对待科研。
7楼2012-03-29 17:37:06
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-29 22:22:36
空间群符号有不同的版本，特别是83版和以后的版本，很多符号都有差异
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
8楼2012-03-29 19:48:24
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lrr613

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 嗨，大家好 at 2012-06-03 09:24:27
build crystal里有一个ente rgroup 输入62，下面有一个option，选择里面的origin-1 c-ba，再观察上面的群就变成Pbnm了，呵呵

那Pbnm和Pnma有什么区别吗？
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10楼2014-04-23 21:53:15
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