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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » MS吸附能计算的问题
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fentuo1203

新虫 (初入文坛)
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19楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-15 15:48:31
FindIt 只有1963年发表的这一种晶体结构么？
我的意思是，如果还有更新的晶体结构，也可以导入计算一下，说不定老文献的数据不太可靠，那么就不是你计算的问题了。...

版主，这是cif文件。
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  • 附件 1 : NiCl2#14208.cif
    • 2015-01-19 01:01:16, 2.61 K
21楼2015-01-19 01:02:20
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20楼: Originally posted by fentuo1203 at 2015-01-19 00:57:16
版主您好，关于NiCl2晶体结构确实只有那一篇。最近计算用的LDA函数，大概能算到2.89%和3.99%。
我用了一下Discover模块优化，发现我如果按照添加原子的方法建的晶胞会有很多的键，但实际上NiCl2应该是离子晶体不会 ...

你师兄给你发的NiCl2的cif文件，直接导入到MS中，出来的晶胞模型中没有共价键，但你 build--bonds--calculate 操作，应该会出现类似的键。
结构正确与否，主要看晶系、空间群、各个原子的位置坐标，在你的问题中，晶系、空间群没有问题，主要看原子坐标，你可以比较 手动添加原子得到的结构 和 直接导入的 cif 结构，我猜想，一般情况下，两者是一样的。
Discover是基于分子力学，而CASTEP是基于量子力学，两者计算方法不同，一般情况下，量子力学的精度是最高的。用Discover模块，需要删除键之后才能优化的问题，MS Discove官方教程里已经给出了明确解释，或者参见：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8391651&target=self&page=1
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22楼2015-01-19 08:47:39
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fentuo1203

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22楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-19 08:47:39
你师兄给你发的NiCl2的cif文件，直接导入到MS中，出来的晶胞模型中没有共价键，但你 build--bonds--calculate 操作，应该会出现类似的键。
结构正确与否，主要看晶系、空间群、各个原子的位置坐标，在你的问题中， ...

嗯，我对照了一下，两种情况的结构是一样的，原子坐标也是一样的，只不过在用Discover或者是Morphology模块的时候有区别，就是添加力场计算的时候要把键删除。
请问一下版主，我用Morphology中的Growth Morphology进行晶形预测的时候怎么算的那个附着能都是正值，然后结果提示说出现不稳定面，无法进行晶形预测，让我检查晶格能说不能是负值，然后我一看，还确实是正值，不知道是什么原因。http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421676415_819.jpg
还有用Equilibrium Morphology进行预测，但是结果让我比较疑惑，如下图。按道理晶面距离越大，生长速率越小，而暴露面积就越大，而结果却显示恰恰相反，不知什么原因。http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421676437_189.jpg
MS吸附能计算的问题
晶格能.jpg


MS吸附能计算的问题-1
Equilibrium morphology.jpg
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23楼2015-01-19 22:07:34
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fentuo1203

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22楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-19 08:47:39
你师兄给你发的NiCl2的cif文件，直接导入到MS中，出来的晶胞模型中没有共价键，但你 build--bonds--calculate 操作，应该会出现类似的键。
结构正确与否，主要看晶系、空间群、各个原子的位置坐标，在你的问题中， ...

版主，那个表格可能不清楚，附件里有清楚的表格。
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  • 附件 1 : Equilibriummorphology.xlsx
    • 2015-01-19 22:09:15, 18.1 K
24楼2015-01-19 22:10:00
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23楼: Originally posted by fentuo1203 at 2015-01-19 22:07:34
嗯，我对照了一下，两种情况的结构是一样的，原子坐标也是一样的，只不过在用Discover或者是Morphology模块的时候有区别，就是添加力场计算的时候要把键删除。
请问一下版主，我用Morphology中的Growth Morpholog ...

1.  “嗯，我对照了一下，两种情况的结构是一样的，原子坐标也是一样的，只不过在用Discover或者是Morphology模块的时候有区别，就是添加力场计算的时候要把键删除。”
回复：是否删除键，在Morphology模块中计算结果肯定会有差异，如果你要用Morphology模块，建议你好好看看MS中该模块的理论介绍部分。
2。“请问一下版主，我用Morphology中的Growth Morphology进行晶形预测的时候怎么算的那个附着能都是正值，然后结果提示说出现不稳定面，无法进行晶形预测，让我检查晶格能说不能是负值，然后我一看，还确实是正值，不知道是什么原因。”
回复：MS中Growth Morphology是基于形貌预测方法中非常经典的AE模型，参见：
P. Hartman, P. Bennema, The attachment energy as a habit controlling factor: I. Theoretical considerations, J. Cryst. Growth. 49 (1980) 145–156.
如果提示出现不稳定面，就要考虑你的结构要做几何优化了。这个问题，在MS Morphology模块的Help文档理论部分，有过解释，并提供了解决问题的方法和建议，请参阅。

3.  “还有用Equilibrium Morphology进行预测，但是结果让我比较疑惑，如下图。按道理晶面距离越大，生长速率越小，而暴露面积就越大，而结果却显示恰恰相反，不知什么原因。”
回复：“晶面距离越大，生长速率越小，而暴露面积就越大”，请注意这句话是属于经典的BFDH模型中的理论，在不考虑能量的情况下，这句话是对的，但正是因为BFDH模型没有考虑能量，其计算结果常常没有AE模型和表面自由能模型好。
再回到Equilibrium Morphology的问题，这个计算方法是基于 表面自由能模型和居里-伍尔夫原理，该计算方法适用于平衡条件下的晶体形貌计算，然而实际中，晶体的生长环境往往远未平衡，所以该模型的应用相当受限。
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25楼2015-01-20 09:02:10
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fentuo1203

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25楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-20 09:02:10
1.  “嗯，我对照了一下，两种情况的结构是一样的，原子坐标也是一样的，只不过在用Discover或者是Morphology模块的时候有区别，就是添加力场计算的时候要把键删除。”
回复：是否删除键，在Morphology模块中计算 ...

非常感谢版主的耐心回答。我发现AE模型和平衡模型比较适合大分子的分子晶体，好像离子晶体就容易出问题。
然后回到该贴的主题，还是计算NiCl2，优化完晶胞，我就切面优化表面，但是为什么优化表面的时候，表面SLAB的空间群会发生改变，比如我优化（003）面，切出来的时候是P1，优化完之后却是PM1（a=b），还有（101）面，原来是P1，优化之后都不知道是什么空间群了（a=b,alpha=beta）请问一下版主，这样正常吗。如果不正常应该怎么改正，如何设置计算参数呢。我的计算参数都是按照优化晶胞的参数设置的，唯一的就是没有勾选optimize cell。
注：切面的时候为了保证NiCl2个数是晶胞的整数倍，上下表面原子并不一致，优化时固定了下层原子。
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26楼2015-01-21 09:29:07
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26楼: Originally posted by fentuo1203 at 2015-01-21 09:29:07
非常感谢版主的耐心回答。我发现AE模型和平衡模型比较适合大分子的分子晶体，好像离子晶体就容易出问题。
然后回到该贴的主题，还是计算NiCl2，优化完晶胞，我就切面优化表面，但是为什么优化表面的时候，表面SLA ...

1. 然后回到该贴的主题，还是计算NiCl2，优化完晶胞，我就切面优化表面，但是为什么优化表面的时候，表面SLAB的空间群会发生改变，比如我优化（003）面，切出来的时候是P1，优化完之后却是PM1（a=b），还有（101）面，原来是P1，优化之后都不知道是什么空间群了（a=b,alpha=beta）请问一下版主，这样正常吗。如果不正常应该怎么改正，如何设置计算参数呢。我的计算参数都是按照优化晶胞的参数设置的，唯一的就是没有勾选optimize cell。

回复：按我的理解，切出晶面，再加真空层得到的结构，与原来的晶体一般不会有相同的空间群，一般都是P1。NiCl2晶胞没问题，用MS切出来的晶面就应该没问题。

2. 切面的时候为了保证NiCl2个数是晶胞的整数倍，上下表面原子并不一致，优化时固定了下层原子。

回复：通常情况下，切出来的晶面与原晶面能保持整数的比例关系。
“上下表面原子并不一致”，这里的上下是什么意思？
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27楼2015-01-21 10:19:42
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fentuo1203

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27楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-21 10:19:42
1. 然后回到该贴的主题，还是计算NiCl2，优化完晶胞，我就切面优化表面，但是为什么优化表面的时候，表面SLAB的空间群会发生改变，比如我优化（003）面，切出来的时候是P1，优化完之后却是PM1（a=b），还有（101） ...

上下表面原子不一致：我的意思是最上层原子和最下层原子不一样，我看了有些帖子说是化合物晶体在表面能计算的时候切面的话要使最上层和最下层原子是一样的。然后我也想计算一下表面能，但是我无法既满足最上层与最下层一样，同时满足整数的比例。
另外，切出来的切面的确都是P1的空间群，但是一优化就改变了空间群，而且晶胞参数也会随着改变，是不是应该固定表面的晶胞参数和角度然后在进行优化。如果需要，怎么固定呢。
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28楼2015-01-21 10:40:49
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28楼: Originally posted by fentuo1203 at 2015-01-21 10:40:49
上下表面原子不一致：我的意思是最上层原子和最下层原子不一样，我看了有些帖子说是化合物晶体在表面能计算的时候切面的话要使最上层和最下层原子是一样的。然后我也想计算一下表面能，但是我无法既满足最上层与最 ...

1. 但是一优化就改变了空间群，而且晶胞参数也会随着改变，是不是应该固定表面的晶胞参数和角度然后在进行优化。如果需要，怎么固定呢。

回复：优化的时候，不选择优化cell，晶格参数就不会变了，而且该slab是从优化后的晶胞切出来的，优化的时候不需要优化晶格常数了，即不需要勾选 optimize cell。
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29楼2015-01-21 10:52:29
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fentuo1203

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29楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-01-21 10:52:29
1. 但是一优化就改变了空间群，而且晶胞参数也会随着改变，是不是应该固定表面的晶胞参数和角度然后在进行优化。如果需要，怎么固定呢。

回复：优化的时候，不选择优化cell，晶格参数就不会变了，而且该slab是从 ...

嗯，我没有选择optimize cell，但晶格参数也确实变了，我也摸不着头脑了。不知道是不是有些帖子说的极性表面的原因。下面三张图是（101）面切出来的样子和优化后的样子，优化后由于空间群的改变，出现了两种表现形式。
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421809571_344.jpg
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421809581_156.jpg
http://image.keyan.cc/data/bcs/2 ... _1421809588_806.jpg
MS吸附能计算的问题-2
优化前（101）.jpg


MS吸附能计算的问题-3
优化后（101）.jpg


MS吸附能计算的问题-4
优化后2（101）.jpg
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30楼2015-01-21 11:08:04
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