24小时热门版块排行榜    

查看: 1570  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

hclzfyt

木虫 (正式写手)

[求助] PCR产物切胶纯化后送出测序后,如何鉴定是不是我的目的片段。 已有1人参与

如题,我用的方法是,用GENtle打开的返回的SEQ文件(不知道这样行不行啊)。
1、我的16 S  PCR时使用的引物为 16s 27f   AGRGTTTGATCMTGGCTCAG   16s 519r   GTNTTACNGCGGCKGCTG
2、引物序列的说明       
Sequence                    Code
Deoxyadenine                A
Deoxycytosine           C
Deoxyguanidine        G
DeoxyThymidine        T
A+C+G                        V
A+T+G                        D
T+C+G                        B
A+T+C                        H
A+T                           W
C+G                                S
T+G                                K
A+C                                M
C+T                                Y
A+G                                R
A+G+C+T                N
脱氧尿苷                        U
次黄嘌呤                         I
3、部分返回片段
B01
TGTATTACTGCGGCGGCTGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTCCTTTGAAGGTACCGTCACTTCTCACGATTATTCACCGTGAAATCTTTCGTCCCTCCTGACAGTGGTTTACACCCCGAAGGGCTTCCTCCCACACGCGGCGTCGCTGGGTCAGCCTTTCGGCCATTGCCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGCGGGGTCGTCCTCTCAGACCCCGTAGCCGTCGCTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTGATAGCCCGCGAGCTCCTCCTGCCACCGTAGCATTGTAAAGAGGCCACGTTTCCCGAAAACCTCATCGAGGCTCTCGACCATGCGGTATTAGCGAAGGTCTCCCCTCGTTGTCCCCCGCAACAGGATAGATTGCTCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCACTCGCCTCAGTCCCGAAGGACTGGACTCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACCCTA

C01
TGTATTACCGCGGCGGCTGAAATCAAGGATGCATGCGCGAAAGCGGTTGCGCATTGCAAAAGAATAAAGTGAGTATTGCCAAGCTGGCGCTGCAATTCGCCGTGGGCCATCGCGACATTGCCTCGACCCTGGTTGGATGCCCCACGCTGGGCCGAAGTAAAACAGAACGTGATTGTATTGAGCAGCCGATCGACATGGGTCTGGTGAGCGAGGTGTAGGAAATCCTGCGGCCAATCCAGAATCAAAACTGGCCGAGCGGCCTCACCGAAAACAATTAAGGGAAGCGCGGCTCGCCCCTCCCCTTCGCCTTTTCGATTTACAATTTGCGATTGGCGATTGGCGGAAGTAGGACGGGTCCAGTTCGGGGATCATGCCCCATTCAACCGGGCTTCCGCCTTCCCTTTGCCTCCCTTCCCTTCCCTTCTTTTCCCAACGCCGCGTTTGCACACCCCCCTCGCCTGAGCCAGGATCAAACCCT

D01
TGTGTTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGACTTATTCCTCAGGTACCGTCATCATCGTCCCTGAGAAAAGAGGTTTACAACCCGAAGGCCTTCATCCCTCACGCGGCGTTGCTGCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGCAAAATTCCCGACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTCTGGGTGATCGTCCTCTCAGACCACCTACCGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACGAGCTAATCGGACGCAGGCCCCTCCCGAAGCGCCTCACGGCTTTGATGGAACGAACGAACGTCCACCACATGCGGTATTAGCCACCCTTTCGGGCAGTTATTCCCCACTTCGGGGCAGGTCACCTACGCGTTACTCAGCCGTCCGCCACTAGCGACTCGAGCAAGCCCGAGTCACTCGTTCGACTTGCATGTCTCATGCACGCCGCCAGCGTTTATCCTGAGCCAGGATCAAACCCTA
我如何看有没有我要的目的片段,求各位高手指点,或是有没有别的更好的办法,纯新手大家勿喷,在此先谢过大家了。
回复此楼
人生要顺势而为
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-09-11 20:21:36
hclzfyt: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-11-20 19:41:40
就是到NCBI网站上做blast啊!我现在不能把blast的链接给你,你到网上搜一下。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
5楼2015-09-11 18:34:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-09-11 20:21:28
hclzfyt: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-11-20 19:41:24
到NCBI上blast应该就知道了,B01那个序列我比了一下,跟一些物种的16S rRNA同源性很高,说明你扩增的也是16S rDNA。
2楼2015-09-08 17:17:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

791945301

新虫 (初入文坛)

也可用序列比对软件和目的基因模板进行比对,如sequncher 等 不知回答对否
3楼2015-09-08 20:26:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclzfyt

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-09-08 17:17:53
到NCBI上blast应该就知道了,B01那个序列我比了一下,跟一些物种的16S rRNA同源性很高,说明你扩增的也是16S rDNA。

亲,这个具体是如何操作的呢??
人生要顺势而为
4楼2015-09-11 16:33:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:52 by o3EMxHUAQDtS
[公派出国] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 4/200 2026-09-01 01:30 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:23 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
请填处理意见