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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR产物切胶纯化后送出测序后，如何鉴定是不是我的目的片段。
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hclzfyt

木虫 (正式写手)

[求助] PCR产物切胶纯化后送出测序后，如何鉴定是不是我的目的片段。 已有1人参与

如题，我用的方法是，用GENtle打开的返回的SEQ文件（不知道这样行不行啊）。
1、我的16 S  PCR时使用的引物为 16s 27f   AGRGTTTGATCMTGGCTCAG   16s 519r   GTNTTACNGCGGCKGCTG
2、引物序列的说明       
Sequence                    Code
Deoxyadenine                A
Deoxycytosine           C
Deoxyguanidine        G
DeoxyThymidine        T
A+C+G                        V
A+T+G                        D
T+C+G                        B
A+T+C                        H
A+T                           W
C+G                                S
T+G                                K
A+C                                M
C+T                                Y
A+G                                R
A+G+C+T                N
脱氧尿苷                        U
次黄嘌呤                         I
3、部分返回片段
B01
TGTATTACTGCGGCGGCTGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTCCTTTGAAGGTACCGTCACTTCTCACGATTATTCACCGTGAAATCTTTCGTCCCTCCTGACAGTGGTTTACACCCCGAAGGGCTTCCTCCCACACGCGGCGTCGCTGGGTCAGCCTTTCGGCCATTGCCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGCGGGGTCGTCCTCTCAGACCCCGTAGCCGTCGCTGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTGATAGCCCGCGAGCTCCTCCTGCCACCGTAGCATTGTAAAGAGGCCACGTTTCCCGAAAACCTCATCGAGGCTCTCGACCATGCGGTATTAGCGAAGGTCTCCCCTCGTTGTCCCCCGCAACAGGATAGATTGCTCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCACTCGCCTCAGTCCCGAAGGACTGGACTCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGGATCAAACCCTA

C01
TGTATTACCGCGGCGGCTGAAATCAAGGATGCATGCGCGAAAGCGGTTGCGCATTGCAAAAGAATAAAGTGAGTATTGCCAAGCTGGCGCTGCAATTCGCCGTGGGCCATCGCGACATTGCCTCGACCCTGGTTGGATGCCCCACGCTGGGCCGAAGTAAAACAGAACGTGATTGTATTGAGCAGCCGATCGACATGGGTCTGGTGAGCGAGGTGTAGGAAATCCTGCGGCCAATCCAGAATCAAAACTGGCCGAGCGGCCTCACCGAAAACAATTAAGGGAAGCGCGGCTCGCCCCTCCCCTTCGCCTTTTCGATTTACAATTTGCGATTGGCGATTGGCGGAAGTAGGACGGGTCCAGTTCGGGGATCATGCCCCATTCAACCGGGCTTCCGCCTTCCCTTTGCCTCCCTTCCCTTCCCTTCTTTTCCCAACGCCGCGTTTGCACACCCCCCTCGCCTGAGCCAGGATCAAACCCT

D01
TGTGTTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGACTTATTCCTCAGGTACCGTCATCATCGTCCCTGAGAAAAGAGGTTTACAACCCGAAGGCCTTCATCCCTCACGCGGCGTTGCTGCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGCAAAATTCCCGACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTCTGGGTGATCGTCCTCTCAGACCACCTACCGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACGAGCTAATCGGACGCAGGCCCCTCCCGAAGCGCCTCACGGCTTTGATGGAACGAACGAACGTCCACCACATGCGGTATTAGCCACCCTTTCGGGCAGTTATTCCCCACTTCGGGGCAGGTCACCTACGCGTTACTCAGCCGTCCGCCACTAGCGACTCGAGCAAGCCCGAGTCACTCGTTCGACTTGCATGTCTCATGCACGCCGCCAGCGTTTATCCTGAGCCAGGATCAAACCCTA
我如何看有没有我要的目的片段，求各位高手指点，或是有没有别的更好的办法，纯新手大家勿喷，在此先谢过大家了。
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人生要顺势而为
1楼 2015-09-08 16:32:16
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-09-11 20:21:28
hclzfyt: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-11-20 19:41:24
到NCBI上blast应该就知道了，B01那个序列我比了一下，跟一些物种的16S rRNA同源性很高，说明你扩增的也是16S rDNA。
赞一下 回复此楼
2楼2015-09-08 17:17:53
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791945301

新虫 (初入文坛)
也可用序列比对软件和目的基因模板进行比对，如sequncher 等 不知回答对否
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3楼2015-09-08 20:26:14
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hclzfyt

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-09-08 17:17:53
到NCBI上blast应该就知道了，B01那个序列我比了一下，跟一些物种的16S rRNA同源性很高，说明你扩增的也是16S rDNA。

亲，这个具体是如何操作的呢？？
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人生要顺势而为
4楼2015-09-11 16:33:14
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-09-11 20:21:36
hclzfyt: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-11-20 19:41:40
就是到NCBI网站上做blast啊！我现在不能把blast的链接给你，你到网上搜一下。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2015-09-11 18:34:35
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