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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 细菌通用引物27F和1492R
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)

[求助] 细菌通用引物27F和1492R 已有2人参与

上下游引物之间退火温度相差11度，怎么确定最适退火温度？
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1楼 2015-08-03 16:09:14
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haloarchaeon

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1、扩增细菌16SrRNA基因建议用27F和1541R,因为1541R能靶定3‘末端，可以得到比较长的16SrRNA基因，而1492R获得的产物比较短。
2、对于退火温度，我实验室常用55度。
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取个什么名啊
haloarchaeon
3楼2015-08-04 14:46:51
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feng37ye

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
取个什么名啊: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-08-04 15:16:11
以Tm值低的那个数减去5度所得的值为初始退火温度，PCR后根据结果调整，多半是提高温度直到结果满意

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2015-08-04 10:06:51
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by haloarchaeon at 2015-08-04 14:46:51
1、扩增细菌16SrRNA基因建议用27F和1541R,因为1541R能靶定3‘末端，可以得到比较长的16SrRNA基因，而1492R获得的产物比较短。
2、对于退火温度，我实验室常用55度。

用你说的引物能得到多大的片段，我看的文献上一般用的都是1492R和27F

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2015-08-04 15:18:30
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取个什么名啊

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by haloarchaeon at 2015-08-04 14:55:06
关于退火温度可以用“PCR引物（寡核苷酸）计算器”计算，以两条引物中低的Tm值为退火温度，如果有smear，可以提高温度。

我算了，两者差的还是很多

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2015-08-04 15:18:54
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