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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教DPD计算界面张力问题
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qyshang1989

新虫 (小有名气)

[交流] 请教DPD计算界面张力问题

请大家指教：在MS中用DPD模拟出结果后，得到的结果都是简化后的数据，例如结果中的温度，压力，表面张力这些数据该如何转换成现实中的物理量呢？
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1楼 2015-07-09 10:36:41
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lsloneil

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qyshang1989: 金币+2 2015-07-10 09:31:51
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5楼: Originally posted by qyshang1989 at 2015-07-09 00:47:59
这本书有没有中文版本？还有个问题，用密度泛函计算界面张力，MS和高斯这两个软件哪个更容易学习啊？多谢！...

你要搞清楚是用哪个密度泛函理论（DFT）算表面张力。人们通常所说的DFT是指量子化学里面的DFT，也就是把能量表示为电子密度的泛函，据我了解量子化学里的DFT很难用来计算表面张力。MS和高斯所算的DFT都是指这种DFT。

另外一种DFT是指液体理论里的DFT，基于统计力学原理，是把自由能表示为粒子密度函数的泛函，可以计算体系很多热力学性质，计算表面张力也是可行的。据我所了解很少有计算化学软件包含了这种DFT的功能，很多课题组都有自己的代码来进行这方面的计算，你可以尝试联系相关课题组看别人是否愿意给代码。
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6楼2015-07-10 00:35:00
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lsloneil

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qyshang1989: 金币+6 2015-07-11 14:20:01
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13楼: Originally posted by qyshang1989 at 2015-07-10 13:18:25
谢谢，我要算的体系文献上的方法就是DFT和状态方程结合，或着Monte Carlo模拟，或者简单的数据回归（这个老师说理论深度不够），我的实验数据已经采集完了，现在就是要计算了。
您讲的这个“压力张量在xx,yy,zz上 ...

你这人怎么老是做伸手党啊？自己搜一下material studio surface tension就会有东西出来。比如这个

http://accelrys.com/events/webin ... 20(NXPowerLite).pdf

参见第29张幻灯片。

或者参考这篇文献
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/la702286h

Method部分中的公式。

简而言之如果垂直于界面的方向定为z轴，需要计算的量就是压力张量在xx, yy, zz 方向上的分量，然后表面张力
\gamma = (P_zz - 0.5*(P_xx + P_yy ) )*L_z

L_z is the box length in z direction.

至于你怎么从MS的输出中提取压力张量在xx, yy, zz 方向上的分量请你自己研究吧，我没用过MS，只能帮你到这里。
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17楼2015-07-11 11:33:47
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chuntao118

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qyshang1989: 金币+2 2015-07-09 11:54:49
通过无量纲逆变换即可。关键是你要搞明白模拟的初始的无量纲值是怎么得到的，然后你就会换回来了。
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2楼2015-07-09 10:57:56
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lsloneil

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qyshang1989: 金币+2 2015-07-10 12:55:55
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9楼: Originally posted by qyshang1989 at 2015-07-09 13:31:29
自由能密度泛函理论应该就是您说的液体理论里的DFT吧？
我是个初学者，看文献使用密度泛函理论计算的界面张力，以前没做过相关工作，还请多多指教,非常感谢！
我看小木虫上有人说Gromacs可计算界面张力，这个软件 ...

"自由能密度泛函理论应该就是您说的液体理论里的DFT吧？"
是。

我不清楚你到底想算什么，一会儿在MS里跑DPD，一会儿又想着DFT，一会儿又想用gromacs。

流体DFT不属于分子模拟范畴，而是计算液体结构的一种数值方法，所以gromacs这种分子模拟软件是不包含流体DFT的相关计算的。网上有时看到的gromacs和DFT结合是指gromacs和量化计算中的DFT结合进行QM/MM计算。

看你之前的帖子，你似乎是用MS做了个DPD模拟，想求表面张力，那你就应该尽量想办法从你现有的MS的输出文件中求出表面张力，如果像楼上所说只是单位转换的话，那难度很小。

另外使用别人的DFT代码或者使用gromacs重新模拟计算表面张力都需要额外的时间去学习，你要考虑你是否有这么多时间。如果你花了很长时间去学习另外一个软件最后得到的效果和你处理MS数据得到的效果是一样的，那只能说是得不偿失。
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10楼2015-07-10 10:57:39
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qyshang1989

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-09 10:57:56
通过无量纲逆变换即可。关键是你要搞明白模拟的初始的无量纲值是怎么得到的，然后你就会换回来了。

有相关文献或者详细的教程资料吗？非常感谢！！
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3楼2015-07-09 11:54:36
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chuntao118

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qyshang1989: 金币+2 2015-07-09 20:48:27
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3楼: Originally posted by qyshang1989 at 2015-07-09 11:54:36
有相关文献或者详细的教程资料吗？非常感谢！！...

当然有，应该做DPD模拟的比较好的文献都会介绍这些的。如《Self-consistent dissipative particle dynamics algorithm》或者《Introduction to Practice of Molecular Simulation》
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4楼2015-07-09 19:12:45
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qyshang1989

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4楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-09 19:12:45
当然有，应该做DPD模拟的比较好的文献都会介绍这些的。如《Self-consistent dissipative particle dynamics algorithm》或者《Introduction to Practice of Molecular Simulation》...

这本书有没有中文版本？还有个问题，用密度泛函计算界面张力，MS和高斯这两个软件哪个更容易学习啊？多谢！
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5楼2015-07-09 20:47:59
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
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路过的看了一下，帮顶，祝福你好运！~~~~~~~~~~~~~~~~~~
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7楼2015-07-10 06:45:45
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chuntao118

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5楼: Originally posted by qyshang1989 at 2015-07-09 20:47:59
这本书有没有中文版本？还有个问题，用密度泛函计算界面张力，MS和高斯这两个软件哪个更容易学习啊？多谢！...

没用过软件。
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8楼2015-07-10 08:23:52
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qyshang1989

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6楼: Originally posted by lsloneil at 2015-07-10 00:35:00
你要搞清楚是用哪个密度泛函理论（DFT）算表面张力。人们通常所说的DFT是指量子化学里面的DFT，也就是把能量表示为电子密度的泛函，据我了解量子化学里的DFT很难用来计算表面张力。MS和高斯所算的DFT都是指这种DFT ...

自由能密度泛函理论应该就是您说的液体理论里的DFT吧？
我是个初学者，看文献使用密度泛函理论计算的界面张力，以前没做过相关工作，还请多多指教,非常感谢！
我看小木虫上有人说Gromacs可计算界面张力，这个软件里包含的DFT理论是液体理论中的DFT吗？
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9楼2015-07-10 09:31:29
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