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qyshang1989新虫 (小有名气)
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[交流]
请教DPD计算界面张力问题
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| 请大家指教：在MS中用DPD模拟出结果后，得到的结果都是简化后的数据，例如结果中的温度，压力，表面张力这些数据该如何转换成现实中的物理量呢？ |
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 xuexijisuan |
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lsloneil
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qyshang1989: 金币+2 2015-07-10 09:31:51
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qyshang1989: 金币+2 2015-07-10 09:31:51
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你要搞清楚是用哪个密度泛函理论（DFT）算表面张力。人们通常所说的DFT是指量子化学里面的DFT，也就是把能量表示为电子密度的泛函，据我了解量子化学里的DFT很难用来计算表面张力。MS和高斯所算的DFT都是指这种DFT。 另外一种DFT是指液体理论里的DFT，基于统计力学原理，是把自由能表示为粒子密度函数的泛函，可以计算体系很多热力学性质，计算表面张力也是可行的。据我所了解很少有计算化学软件包含了这种DFT的功能，很多课题组都有自己的代码来进行这方面的计算，你可以尝试联系相关课题组看别人是否愿意给代码。 |
6楼2015-07-10 00:35:00
lsloneil
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qyshang1989: 金币+6 2015-07-11 14:20:01
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qyshang1989: 金币+6 2015-07-11 14:20:01
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你这人怎么老是做伸手党啊？自己搜一下material studio surface tension就会有东西出来。比如这个 http://accelrys.com/events/webin ... 20(NXPowerLite).pdf 参见第29张幻灯片。 或者参考这篇文献 http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/la702286h Method部分中的公式。 简而言之如果垂直于界面的方向定为z轴，需要计算的量就是压力张量在xx, yy, zz 方向上的分量，然后表面张力 \gamma = (P_zz - 0.5*(P_xx + P_yy ) )*L_z L_z is the box length in z direction. 至于你怎么从MS的输出中提取压力张量在xx, yy, zz 方向上的分量请你自己研究吧，我没用过MS，只能帮你到这里。 |
17楼2015-07-11 11:33:47
chuntao118
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2楼2015-07-09 10:57:56
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qyshang1989: 金币+2 2015-07-10 12:55:55
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qyshang1989: 金币+2 2015-07-10 12:55:55
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"自由能密度泛函理论应该就是您说的液体理论里的DFT吧？" 是。 我不清楚你到底想算什么，一会儿在MS里跑DPD，一会儿又想着DFT，一会儿又想用gromacs。 流体DFT不属于分子模拟范畴，而是计算液体结构的一种数值方法，所以gromacs这种分子模拟软件是不包含流体DFT的相关计算的。网上有时看到的gromacs和DFT结合是指gromacs和量化计算中的DFT结合进行QM/MM计算。 看你之前的帖子，你似乎是用MS做了个DPD模拟，想求表面张力，那你就应该尽量想办法从你现有的MS的输出文件中求出表面张力，如果像楼上所说只是单位转换的话，那难度很小。 另外使用别人的DFT代码或者使用gromacs重新模拟计算表面张力都需要额外的时间去学习，你要考虑你是否有这么多时间。如果你花了很长时间去学习另外一个软件最后得到的效果和你处理MS数据得到的效果是一样的，那只能说是得不偿失。 |
10楼2015-07-10 10:57:39
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