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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教DPD计算界面张力问题
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qyshang1989

新虫 (小有名气)

[交流] 请教DPD计算界面张力问题

请大家指教：在MS中用DPD模拟出结果后，得到的结果都是简化后的数据，例如结果中的温度，压力，表面张力这些数据该如何转换成现实中的物理量呢？
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1楼 2015-07-09 10:36:41
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★
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qyshang1989: 金币+2 2015-07-10 12:55:55
引用回帖:
9楼: Originally posted by qyshang1989 at 2015-07-09 13:31:29
自由能密度泛函理论应该就是您说的液体理论里的DFT吧？
我是个初学者，看文献使用密度泛函理论计算的界面张力，以前没做过相关工作，还请多多指教,非常感谢！
我看小木虫上有人说Gromacs可计算界面张力，这个软件 ...

"自由能密度泛函理论应该就是您说的液体理论里的DFT吧？"
是。

我不清楚你到底想算什么，一会儿在MS里跑DPD，一会儿又想着DFT，一会儿又想用gromacs。

流体DFT不属于分子模拟范畴，而是计算液体结构的一种数值方法，所以gromacs这种分子模拟软件是不包含流体DFT的相关计算的。网上有时看到的gromacs和DFT结合是指gromacs和量化计算中的DFT结合进行QM/MM计算。

看你之前的帖子，你似乎是用MS做了个DPD模拟，想求表面张力，那你就应该尽量想办法从你现有的MS的输出文件中求出表面张力，如果像楼上所说只是单位转换的话，那难度很小。

另外使用别人的DFT代码或者使用gromacs重新模拟计算表面张力都需要额外的时间去学习，你要考虑你是否有这么多时间。如果你花了很长时间去学习另外一个软件最后得到的效果和你处理MS数据得到的效果是一样的，那只能说是得不偿失。
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10楼2015-07-10 10:57:39
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chuntao118

新虫 (著名写手)
★ ★ ★
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qyshang1989: 金币+2 2015-07-09 11:54:49
通过无量纲逆变换即可。关键是你要搞明白模拟的初始的无量纲值是怎么得到的，然后你就会换回来了。
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2楼2015-07-09 10:57:56
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qyshang1989

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-07-09 10:57:56
通过无量纲逆变换即可。关键是你要搞明白模拟的初始的无量纲值是怎么得到的，然后你就会换回来了。

有相关文献或者详细的教程资料吗？非常感谢！！
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3楼2015-07-09 11:54:36
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chuntao118

新虫 (著名写手)
★ ★ ★
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qyshang1989: 金币+2 2015-07-09 20:48:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by qyshang1989 at 2015-07-09 11:54:36
有相关文献或者详细的教程资料吗？非常感谢！！...

当然有，应该做DPD模拟的比较好的文献都会介绍这些的。如《Self-consistent dissipative particle dynamics algorithm》或者《Introduction to Practice of Molecular Simulation》
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4楼2015-07-09 19:12:45
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